Los inicios de la Hermandad de la Hiniesta están relacionados con la historia del caballero Per de Tous, el cual estando de cacería, encontró una imagen de la Virgen con el niño cuyo letrero indica que es de procedencia sevillana, depositandola en la Iglesia de San Julián. Con el paso del tiempo, se construyó una capilla a la Virgen de la Hiniesta, en la cabecera de la nave del Evangelio. 

Tras estos acontecimientos, la Hermandad de la Hiniesta nace en el año 1412. Fueron surgiendo numerosos hechos que permitieron el crecimiento de dicha Hermandad, siendo en 1565 el año en el que se aprueban las Reglas, fijándose como día de salida la noche del Jueves Santo. En dicha Estación de Penitencia procesionan una imagen de Cristo Crucificado y una Dolorosa, con la advocación de la Hiniesta. En el año 1584, el Ayuntamiento cede a la Hermandad unos terrenos para poder construir la capilla propia en San Julián. 

Fue en 1649, con el fin de la epidemia de la peste cuando se reconoce a la Virgen de la Hiniesta como patrona y protectora de Sevilla. Dicha epidemia, provocó la pérdida de numerosos hermanos, llegando a provocar una suspensión en las actividades de la Hermandad, quedando reducida a Hermandad de Gloria, ya que no volvería a salir en Semana Santa hasta el año 1881.

A partir de 1881 realiza Estación de Penitencia en Semana Santa, la cual fue cambiando el día de salida durante estos años, llegando a salir el Domingo de Ramos, en la madrugada del Viernes Santo o, incluso, en la tarde del Lunes Santo o Jueves Santo.

A partir de 1905 se reorganiza la Hermandad, estableciendo el Domingo de Ramos como día de salida. En el año 1932 es incendiada la Parroquia de San Julián perdiendo los Sagrados Titulares y teniendo que llevar a cabo el encargo de nuevos Titulares, obra de Antonio Castillo Lastrucci, construyendo y engrandeciendo, de esta forma, su patrimonio. Tras varios años de cambios de sede, la Hermandad fija su sede en San Julián, la cual vuelve a salir de allí en 1995. La Hermandad, desde esta fecha, comienza un crecimiento en el número de hermanos lo cual permite soñar con ambiciosos proyectos.