La Hermandad del Santísimo Cristo de la Clemencia fue fundada el 17 de marzo de 1593, durante el reinado de Felipe II y siendo obispo de Jaén don Francisco Sarmiento Mendoza. Ese día se bendijo la imagen del Santísimo Cristo de la Clemencia en el Real Convento de Santa Catalina por el prior Fray Alonso de Sepúlveda. La imagen fue realizada por Salvador de Cuéllar, uno de los mejores escultores de la época en Jaén, quien recibió mil quinientos reales por su trabajo, dinero recaudado a través de limosnas, almonedas y los cabos de año.

La cofradía tuvo su primera sede en el Real Convento de Santa Catalina Mártir de la Orden de Predicadores. Sus estatutos, aprobados en 1593, fueron renovados el 23 de abril de 1746 por el obispo don Andrés de Cabrejas. Para entonces, la hermandad ya se encontraba en el Convento de Santo Domingo, donde permaneció hasta 1833. En sus inicios, la cofradía tenía una función benéfica, ayudando a sus hermanos con entierros, sufragios, enfermedades y hospitalización.

Desde 1774, el cargo de Hermano Mayor pasó a llamarse Gobernador, título que aún se mantiene. En 1786, Ana de Torres se convirtió en la primera mujer en ocupar este puesto, ya que cualquier cofrade podía acceder a él. Algunos hermanos incluso solicitaban este cargo como promesa al Cristo.

Originalmente, la festividad del Cristo se celebraba el Domingo de Carnestolendas, pero en 1767 se trasladó al segundo domingo de mayo para evitar coincidir con la recolección de la aceituna. Esta celebración aún se mantiene con una misa y la tradicional degustación de garbanzos tostados.

Durante la ocupación francesa en 1810, la iglesia de los Dominicos fue profanada, y la imagen del Cristo de la Clemencia fue despojada de su peluca, vestiduras, clavos, corona y potencias de plata. Los hermanos trasladaron la imagen a la Parroquia de San Miguel, donde permaneció hasta su regreso en procesión a Santa Catalina en septiembre de 1814.

En 1835, la desamortización de Mendizábal suprimió las órdenes religiosas en España, lo que llevó al cierre del Convento de Santo Domingo y al declive de la hermandad. La imagen del Cristo pasó a la Iglesia de Santa María Magdalena, donde fue venerada hasta la reactivación de la cofradía en 1850. Sin embargo, los estatutos redactados en esa época fueron destruidos durante la Guerra Civil.

Gracias al esfuerzo de Germán Bermúdez González y Cecilio Arrate Moreno, la cofradía resurgió en 1945 con la aprobación de nuevos estatutos por el obispo don Rafael García de Castro. Se convirtió en una cofradía penitencial, con Francisco Vena Rodríguez como primer Gobernador y Antonio López Cruz como primer Consiliario.

A finales de 1960, debido al cierre de la Iglesia de la Magdalena por más de dieciocho años, la hermandad y sus titulares fueron trasladados a la Iglesia del antiguo Hospital San Juan de Dios. Gracias al esfuerzo de los cofrades y vecinos del barrio, el templo pudo reabrirse el 22 de diciembre de 1985 tras una intensa restauración.

La hermandad ha mantenido un fuerte arraigo en el barrio de la Magdalena, donde cada Martes Santo resuenan saetas en honor a sus titulares. A lo largo de setenta y cinco años, la cofradía ha crecido en número de cofrades, cultos, actos y enseres, expandiendo su devoción más allá del barrio y hasta el centro de Jaén.

Entre sus logros recientes destacan la creación de su cuerpo de costaleros, con la incorporación de mujeres en 1992, convirtiéndose María Santísima del Mayor Dolor en la primera imagen portada por costaleras en Jaén. También se ha formado un grupo joven para fomentar la participación de nuevas generaciones.

Se han celebrado importantes efemérides, como el cuarto centenario de la fundación en 1993, el cincuentenario de su reincorporación a la Semana Santa en 1996 y el 425 aniversario de la bendición del Santísimo Cristo de la Clemencia en 2018.

Las imágenes que actualmente procesiona la cofradía son Nuestro Padre Jesús de la Caída, donado en 1956 por Francisco González Quero y realizado por Emilio Navas Parejo. Se trata de una talla completa, aunque suele procesionar vestida. También figura la imagen penitente de Santa María Magdalena, obra de finales del siglo XVIII atribuida a Mateo de Medina Monero. El Cristo de la Clemencia, realizado por Salvador de Cuéllar en 1593, es el titular de la cofradía.

El paso de la Virgen del Mayor Dolor, imagen de Alfredo Muñoz Arcos, procesionó por primera vez en 1946. Junto a ella figura desde 1971 San Juan Evangelista, obra de Pío Mollar Franch de 1927, adquirida por la cofradía en la Parroquia de San Nicolás de Bari de Úbeda.