Los orígenes de la Hermandad se remontan a finales del siglo XIX, entre los años 1893 y 1894, cuando fue fundada en la antigua Iglesia Conventual de San Francisco. Su antecedente más remoto se encuentra en una agrupación piadosa que rendía culto a San Telmo, Patrón de los Mareantes, lo que explica que sus primeros integrantes fueran marineros y pescadores del barrio de San Francisco.

Desde el principio, la Cofradía despertó gran devoción entre los vecinos, y su popularidad se extendió rápidamente por toda la ciudad. Su imagen titular, la Santísima Virgen del Mayor Dolor, venerada en San Francisco desde el siglo XVII, fue siempre reconocida tanto por su belleza como por su valor artístico, según reflejan numerosos documentos históricos.

Durante años, la Hermandad vivió un periodo de estabilidad, hasta que en 1936, al inicio de la Guerra Civil, sus imágenes y enseres fueron destruidos. Sin embargo, el fervor de sus miembros permaneció intacto, y en la procesión del Miércoles Santo de 1937, decidieron entronizar en el paso de palio una fotografía en blanco y negro a tamaño natural, en sustitución de la imagen perdida.

Las dificultades no terminaron ahí. Sin haber recuperado aún el esplendor previo al conflicto, en 1963 se vieron obligados a abandonar su sede en la Iglesia de San Francisco y trasladarse a la Santa Iglesia Catedral, donde permanecieron hasta 1978. Ese mismo año, tuvieron que dejar también este templo, quedando la Hermandad sin un lugar fijo donde establecerse. Durante un tiempo, sus Sagradas Imágenes fueron resguardadas en una vivienda particular cedida generosamente, mientras que, con el esfuerzo y devoción del pueblo de Huelva, comenzaron la construcción de una pequeña capilla en el barrio de San Francisco.

En 1979, con la bendición de la nueva capilla, inició una etapa de crecimiento sin precedentes. Sin embargo, la intensa actividad cofrade pronto hizo que el templo resultara insuficiente, por lo que en 1992, gracias a la dedicación de sus miembros, fue inaugurada la Iglesia de Santa María de la Esperanza, un templo de mayor capacidad y gran valor arquitectónico, que además dispone de espacios destinados al apostolado y la formación.

Un momento clave en la historia de la Hermandad se produjo en 1984, cuando obtuvieron el carácter Sacramental, gracias a la gestión de la Junta de Gobierno y el apoyo del Reverendo Don Carlos Núñez Vega. Este reconocimiento permitió reforzar el culto al Santísimo Sacramento en una época en la que la Parroquia tenía dificultades para garantizarlo debido a su ubicación temporal en la Capilla Conventual de las Hermanas de la Cruz.

El 4 de junio de 1994, con motivo del I Centenario de la Hermandad, el Excmo. Ayuntamiento de Huelva concedió a Nuestra Señora de la Esperanza la Medalla de Oro de la Ciudad, en un acto multitudinario que reunió a numerosos onubenses.

Tras este reconocimiento, y siguiendo la tradición marcada por la Coronación Canónica de la Patrona de Huelva, la Santísima Virgen de la Cinta, el Cabildo de Oficiales de Gobierno impulsó la solicitud de la Coronación Canónica de Nuestra Señora de la Esperanza. La propuesta fue ratificada por aclamación en un histórico Cabildo General de Hermanos celebrado el 11 de febrero de 1997.

Ese mismo año, la Hermandad recibió un reconocimiento de gran importancia: la Cruz al Mérito Naval, otorgada por Su Majestad el Rey Juan Carlos I el 2 de enero de 1997. Este distintivo reafirmó los lazos históricos entre la Cofradía y la Armada, vínculos que han perdurado desde sus orígenes y que continúan estrechamente vigentes en todos los acontecimientos extraordinarios que celebran.

El 18 de diciembre de 1997, en la Función dedicada a Nuestra Señora de la Esperanza, el Reverendísimo Señor Obispo de la Diócesis, Don Ignacio Noguer Carmona, anunció la aprobación de la solicitud para la Coronación Canónica de la imagen, siendo la primera Dolorosa en recibir este honor en la Diócesis.

El Miércoles Santo de 1999, durante su tradicional visita matutina, el Obispo confirmó que la Coronación se llevaría a cabo el 3 de junio del año 2000. La Hermandad, que ya había iniciado cultos y actos preparatorios para tan importante acontecimiento, intensificó sus esfuerzos en los meses previos. Entre las actividades destacadas, se incluyó la visita de Sus Majestades los Reyes de España a la exposición «Esplendores de Esperanza» y el regreso de la Virgen al Templo Catedralicio, dos décadas después de haberlo abandonado, para la celebración del solemne triduo preparatorio para su Coronación.

El 14 de febrero de 2018, la Hermandad presentó a sus hermanos, devotos y cofrades de la ciudad el Columbario y las salas del Museo, un nuevo espacio que enriquece aún más su patrimonio. Este columbario, el primero en la Diócesis de Huelva, ofrece un lugar de descanso eterno para los hermanos y devotos junto a sus imágenes titulares, mientras que el museo expone de manera permanente el valioso legado de esta centenaria Cofradía.

Tras décadas de esfuerzo, trabajo y devoción, los hermanos de San Francisco vieron cumplido su sueño de compartir su patrimonio con la ciudad a través de un museo único y de proporcionar un espacio sagrado para el reposo de sus fieles.

El último gran acontecimiento en la historia reciente de la Hermandad tuvo lugar en 2019, con la conmemoración del 125º Aniversario de su Fundación, un hito que reafirmó su compromiso con la fe y la tradición en Huelva.