La Hermandad fue fundada en 1761 en el Real Convento de Nuestro Seráfico Padre San Francisco de Asís. En ese mismo año se redactaron sus primeros Estatutos, los cuales fueron aprobados el 15 de octubre por el Ministro Provincial de la Santa Provincia de Granada, aunque no recibieron la sanción del Obispo de Jaén, D. Antonio Gómez de la Torre, hasta el 29 de febrero de 1772.

Los primeros párrafos de estos Estatutos sugieren la existencia previa de la Congregación con fines exclusivamente piadosos. Sin embargo, la incorporación de un propósito benéfico en favor de sus miembros motivó la elaboración de nuevas Constituciones, las cuales siguen siendo un valioso patrimonio de la Hermandad en la actualidad.

Se tiene constancia de que la Imagen del Santísimo Cristo de la Expiración fue entregada a la comunidad del Convento de San Francisco el 11 de junio de 1762. Esta Imagen, de autor anónimo pero atribuida al escultor José de Medina, continúa siendo una de las Titulares de la Hermandad.

En el siglo XVIII, la Hermandad celebraba su Fiesta Anual con una procesión el segundo domingo de mayo, siempre y cuando contara con los recursos económicos necesarios, ya que dos tercios de los fondos recaudados se destinaban a cubrir los gastos funerarios de los congregados.

Durante los siglos XVIII y XIX, la Hermandad creció en número de miembros y en actividades. La última noticia registrada de esta época es un privilegio papal otorgado en 1797 mediante bula pontificia, concediendo indulgencias plenarias en honor del Santísimo Cristo de la Expiración. Sin embargo, la actividad de la Congregación decayó tras la supresión de los conventos religiosos en 1836 por la Desamortización de Mendizábal. Como consecuencia, la Imagen del Cristo de la Expiración fue trasladada a la Parroquia de San Bartolomé, donde décadas después resurgió la devoción pública, dando paso a una nueva etapa que culminó con la conversión de la Hermandad en Cofradía de penitencia.

El 1 de febrero de 1888, por iniciativa del párroco de San Bartolomé, Rvdo. D. Eufrasio López Jimena, se reconstituyó la Cofradía con el propósito de rendir culto al Santísimo Cristo de la Expiración, destacando las Siete Palabras de Cristo en la Cruz. Se estableció el Viernes Santo a las tres de la tarde como el momento para su estación de penitencia y se decidió conmemorar la Función Principal el domingo de Pascua de Pentecostés. La primera Junta de Gobierno tomó posesión oficialmente el Domingo de Ramos, 25 de marzo de 1888.

Los Estatutos de esta nueva etapa fueron aprobados en Cabildo el 18 de marzo de 1888 y presentados al Fiscal General Eclesiástico cuatro años después. Finalmente, el 17 de febrero de 1892, el Obispo de Jaén, D. Manuel María Sánchez González, los ratificó.

Por decreto del Obispo D. Miguel Peinado y Peinado, el 24 de junio de 1987, se reconoció a la Hermandad como legítima sucesora de la antigua Cofradía del Cristo de la Expiración, quedando erigida canónicamente en la Parroquia de San Bartolomé de Jaén.

En sus primeros años en San Bartolomé, la Junta de Gobierno experimentó un notable incremento de cofrades, aunque también enfrentó dificultades económicas. A pesar de ello, logró financiar importantes proyectos, como la construcción de una Capilla para el Cristo de la Expiración en 1896, sobre los restos del antiguo Camarín de San Antonio. La Capilla fue reformada en 1927 y en 1951, cuando se reconstruyó desde sus cimientos, adoptando su configuración actual.

Para recaudar fondos, la Hermandad organizó sorteos y rifas, llegando en 1917 a subastar un crucifijo de mármol y marfil donado por la Infanta Isabel. A lo largo del tiempo, la Hermandad enriqueció su patrimonio con la adquisición de diversos enseres y documentos, muchos de los cuales se conservan en su Archivo.

Desde 1892, la Hermandad incorporó a su estación de penitencia la Imagen de una Dolorosa y, dos años más tarde, la de San Juan Evangelista. A lo largo del tiempo, cinco imágenes marianas han acompañado al Cristo en su Capilla o en procesión, aunque varias fueron destruidas o sustituidas. En 1995, el escultor Luis Álvarez Duarte talló la actual imagen de María Santísima de las Siete Palabras, que fue bendecida el 3 de marzo de ese año. La imagen actual de San Juan Evangelista, realizada por José Martínez Puerta, fue bendecida el Jueves Santo de 1943.

El deseo de trasladar la estación de penitencia al Jueves Santo se manifestó desde principios del siglo XIX, logrando establecerse definitivamente en 1926.

Tras la Guerra Civil, la Hermandad tuvo que reconstruirse casi desde cero, salvando únicamente algunos enseres y la Imagen del Santísimo Cristo de la Expiración. El 10 de junio de 1939, la imagen regresó a la restaurada Parroquia de San Bartolomé, marcando el reinicio de la actividad cofrade.

Durante la segunda mitad del siglo XX, la Hermandad acumuló un importante patrimonio musical y literario, reflejo de la profunda devoción al Santísimo Cristo de la Expiración. A lo largo de su historia, ha contado con la participación de numerosas personalidades de la cultura y sociedad de Jaén, así como de innumerables cofrades anónimos, que han fortalecido su papel como centro devocional y de vida cristiana.

En el Año Jubilar 2000, el Obispo de Jaén, D. Santiago García Aracil, concedió a la Hermandad el título de «Sacramental», sumándose al de «Real», otorgado en 1917 por el Rey Alfonso XIII. Desde entonces, la Hermandad mantiene una estrecha relación con la Casa Real.

Actualmente, la Hermandad desarrolla un extenso programa de actividades a lo largo del año, destacando sus cultos en honor a sus Titulares, su labor caritativa y su compromiso con la formación cristiana, especialmente de los jóvenes. Para ello, cuenta con una Casa de Hermandad donde se custodian sus enseres y documentos.

Asimismo, publica desde hace más de dos décadas la revista «Expiración», la más antigua entre las cofradías de Jaén, además de otras publicaciones periódicas. La historia de la Hermandad fue recogida por su Cronista y Hermano Mayor Honorario, Rafael Ortega Sagrista, en el libro «Expiración, cien años de una cofradía de Jaén», publicado en 1988 con motivo de su centenario.

La Hermandad cuenta además con un Grupo Joven, que fomenta la participación y formación de sus miembros, y con la Banda de Cornetas y Tambores Santísimo Cristo de la Expiración, que destaca por su alta calidad interpretativa y es el único conjunto de su tipo en Jaén.