Esta Hermandad y Cofradía nació como resultado de las inquietudes de un grupo de jóvenes que compartían una misma visión sobre cómo debía ser una Cofradía y la manera en que una Hermandad debía actuar y desarrollarse. En 1981, dentro de la tertulia cultural cofradiera «El Cirio Apagao», comenzaron a dar los primeros pasos y celebraron reuniones para dar forma al proyecto. Tras la Semana Santa de aquel año, tres de sus miembros decidieron acudir al párroco de la Parroquia de Nuestra Señora de la Estrella del Mar (Huelva), el Rvdo. P. D. Carlos Núñez Vega, con la intención de fundar una Hermandad en la parroquia y, al mismo tiempo, comprometerse con la restauración de la Iglesia de la Milagrosa, que desde hacía tiempo se encontraba en ruinas.

Tras tomar la decisión de redactar unas primeras Reglas ad experimentum, dieron forma a una Cofradía de las denominadas «de silencio», con túnicas de ruán negro de cola y ancho cinturón de esparto, caracterizada por su ascetismo, compostura, piedad y recogimiento. El 20 de diciembre de 1982, se constituyeron oficialmente como Hermandad y Cofradía y encargaron la talla de un Cristo crucificado. Las primeras estaciones de penitencia se realizaron desde la Iglesia de la Milagrosa, con la imagen del Cristo, obra de Gabriel Cuadrado Díaz en 1983, llevada a hombros por los hermanos.

En 1987, debido al estado ruinoso del templo, se vieron obligados a cerrarlo al culto, estableciendo provisionalmente su sede en el Convento de Santa María de Gracia de las Madres Agustinas en Huelva. A pesar de esta situación, continuaron celebrando la Estación de Penitencia con la imagen del Cristo, que seguía siendo portada a hombros. La vida de la Hermandad continuó desarrollándose dentro del convento, conforme a lo establecido en sus reglas. Al mismo tiempo, trabajaron en colaboración con la Delegación de Cultura de la Junta de Andalucía para elaborar el proyecto de restauración de La Milagrosa. Durante un tiempo, realizaron la Estación de Penitencia desde la Santa Iglesia Catedral, ya con el nuevo paso del Cristo, aunque su sede provisional siguió siendo el Convento de Santa María de Gracia.

Con el paso de los años, ampliaron sus imágenes titulares con la talla del Niño Jesús, Dulce Nombre, bendecida en 1993, y la imagen de María Santísima de la Concepción, encargada al escultor sevillano Juan Manuel Miñarro López y bendecida en 1996. Tras innumerables gestiones y enfrentándose a la desidia política y otros obstáculos, lograron que la restauración de la Iglesia de la Milagrosa finalizara el 5 de octubre de 1997. Posteriormente, realizaron el traslado de la Corporación el 25 de octubre de ese mismo año, ocupando una capilla en la nave del Evangelio, en el Sotocoro. Atrás quedaban los años de salidas en parihuelas y de traslados a la Santa Iglesia Catedral.

No conformes solo con la fundación de la Corporación Nazarena ni con la restauración del templo neogótico, que posteriormente donaron a la Diócesis de Huelva, decidieron emprender un nuevo proyecto: la construcción de su propio templo y casa de Hermandad. Gracias a la colaboración de las Hijas de la Caridad, propietarias de la Iglesia de la Milagrosa y la finca anexa, lograron finalizar la obra en 2004. Este proyecto se materializó con el esfuerzo y la dedicación de hombres y mujeres que creían firmemente en unos ideales, mirando no solo al presente, sino también al futuro, dentro del casco histórico de Huelva.

En cuanto a su historia, en 1983 celebraron el primer Quinario en la Capilla de las Hermanas de la Cruz y bendijeron al Santo Cristo de la Misericordia el 26 de noviembre en el Convento de las Madres Agustinas, al tiempo que iniciaban el expediente histórico-artístico de la Iglesia de La Milagrosa. En 1984 realizaron la primera Estación de Penitencia a hombros desde La Milagrosa y el primer Quinario en el Convento de las Madres Agustinas. En 1989, la imagen del Santo Cristo de la Misericordia salió por primera vez en su paso desde la Santa Iglesia Catedral, y en 1990, tras diversas gestiones, comenzaron las obras de restauración de La Milagrosa. En 1993 bendijeron la imagen del Dulce Nombre de Jesús, y en 1996, la de María Santísima de la Concepción, además de adquirir la finca anexa a La Milagrosa en la Calle Rábida, propiedad de las Hijas de la Caridad.

En 1997 culminaron las obras de La Milagrosa y reabrieron el templo al culto, trasladando las imágenes titulares desde Las Agustinas en octubre. En 2001 colocaron la primera piedra de la Capilla y Casa de Hermandad en la Calle Rábida, y en 2004 se llevó a cabo la bendición de la Capilla y la Casa de Hermandad en octubre. En 2007 conmemoraron el XXV aniversario de la fundación con diversos actos. En 2010, en Cabildo de Hermanos, acordaron trasladar la Estación de Penitencia al Jueves Santo, y en 2011 el Obispado les autorizó a celebrar la Misa de Precepto los sábados, además de bendecir en octubre la imagen de San Expedito.

En 2012 realizaron la primera salida procesional de la imagen del Dulce Nombre de Jesús el 4 de enero. En 2016, el 17 de septiembre, el Cristo de la Misericordia presidió la Procesión Magna con motivo del Año Jubilar y, ese mismo año, el primer viernes de Cuaresma salió en un Vía Crucis Extraordinario por las calles de la feligresía, finalizando en el Convento de las Hermanas de la Cruz.