La Piadosa Hermandad del Santísimo Sacramento y Santos Mártires de Córdoba y Cofradía de Nazarenos del Santísimo Cristo de la Misericordia y Nuestra Señora de las Lágrimas en su Desamparo nació de la fusión de dos hermandades históricas que, a su vez, tuvieron antecedentes o fusiones previas en siglos pasados. Esta fusión tuvo lugar en el año 2000 y unió las siguientes cofradías:

La Hermandad del Santísimo Sacramento y Santos Mártires de Córdoba: Esta hermandad nació en 1741 de la fusión entre la Hermandad del Santísimo Sacramento (fundada con reglas aprobadas en 1534) y la Hermandad de los Santos Mártires, erigida en 1673.

La Hermandad del Santísimo Cristo de la Misericordia y Nuestra Señora de las Lágrimas en su Desamparo: Fundada en 1937.

Sobre la Hermandad del Santísimo Sacramento, los documentos históricos más antiguos datan de 1534, pero hay indicios que sugieren que su origen podría ser mucho más remoto, alrededor de 1363, siendo el año 1534 cuando se aprobó una reforma en sus reglas. Las hermandades del Santísimo Sacramento nacieron con la finalidad de promover el culto eucarístico y apoyar a las parroquias en su labor pastoral. Además, estas cofradías ayudaban con cera y limosnas, participaban en los actos litúrgicos y colaboraban en las procesiones que llevaban el Santísimo Sacramento a los enfermos.

En cuanto a la Hermandad de los Santos Mártires, se fundó en 1673, casi un siglo después del hallazgo de sus reliquias. En 1742 se fusionó con la del Santísimo Sacramento, y entre sus logros estuvo la construcción de la capilla del Sagrario en la parroquia de San Pedro, que terminó en 1757. En 1790 se completó la urna de plata que guarda las reliquias de los Santos Mártires.

A lo largo de los siglos, la hermandad del Santísimo Sacramento y los Santos Mártires sufrió una pérdida de esplendor, con un descenso en el número de hermanos y una crisis económica que se extendió hasta mediados del siglo XX. En 1975, con motivo del IV Centenario del Hallazgo de las Sagradas Reliquias, se vivió un renacer momentáneo gracias a la organización de actividades culturales y religiosas, como la representación de obras teatrales y conferencias, aunque la muerte de Franco afectó la realización de algunos eventos.

La historia de la Hermandad del Santísimo Cristo de la Misericordia comienza en 1937, en plena Guerra Civil, con un grupo de jóvenes, entre los que se encontraba Francisco Melguizo Fernández. La imagen del Cristo de la Misericordia fue elegida personalmente por Melguizo, quien la había conocido en la iglesia de la Magdalena. A pesar de las dificultades materiales y legales, la primera salida procesional de la cofradía tuvo lugar el 24 de marzo de 1937, Miércoles Santo, con un paso improvisado y el apoyo de diversas instituciones y cofradías.

A lo largo de las décadas de 1940 y 1950, la cofradía creció en patrimonio artístico y en número de devotos. En 1943, se estrenó el paso del Cristo de la Misericordia y en 1950 se incorporó como cotitular la imagen de Nuestra Señora de las Lágrimas en su Desamparo. En 1964, la hermandad vivió un período difícil debido a las dificultades económicas, pero en 1972, con la llegada de Benjamín Barrionuevo Guerrero como hermano mayor, comenzó un proceso de renovación que culminó con la restauración de la capilla de los titulares en 1975.

En 1985, la hermandad pasó por dificultades adicionales, como el cierre de la parroquia de San Pedro y el traslado de las imágenes a la ermita de San José y luego al monasterio de Santa Marta, donde permanecieron hasta 1998. Durante este tiempo, la estación de penitencia se realizaba desde la Mezquita-Catedral, lo que dio lugar a imágenes icónicas durante los doce años en los que la cofradía procesionaba desde este histórico lugar.

El cincuentenario de la fundación de la hermandad, celebrado en 1987, fue un hito importante para la cofradía, que aprovechó para fortalecer su presencia en la vida cofrade y para relanzar sus actividades sociales y culturales. En 1993, la hermandad organizó el IV Encuentro de Hermandades de la Misericordia de Andalucía, un evento que reunió a cientos de cofrades y consolidó su influencia en la Semana Santa de Córdoba.