Los orígenes de nuestra Cofradía se remontan a octubre de 1988, cuando un grupo de jóvenes pertenecientes a diversas hermandades de Huelva se unieron con la intención de crear una Tertulia Cultural Cofrade, con la esperanza de que esta sirviera como base para la fundación de una Hermandad de Penitencia. En poco tiempo, fueron acogidos en la Parroquia de la Purísima Concepción por el recordado don Carlos Núñez Vega, quien supo guiarlos en sus primeros pasos, canalizando su entusiasmo juvenil. Así nació la Tertulia Cultural Cofrade y Grupo Parroquial de la Concepción “El Penitente”, un espacio en el que, además de recibir formación de don Carlos, se llevaron a cabo diversas actividades, como conferencias, exposiciones y publicaciones cofrades, con un doble propósito: la defensa de la Semana Santa onubense y la cimentación de un proyecto sólido de Cofradía.

Una década después, el 18 de abril de 1998, algunos de los integrantes de aquel grupo—ya disuelto debido a compromisos laborales y universitarios—decidieron retomar la idea de fundar una hermandad con los mismos principios. Sin embargo, tras el fallecimiento de don Carlos, la Parroquia de la Concepción ya no pudo ser su sede. Gracias a la mediación de don José Morales López, encontraron acogida en la Parroquia de Nuestra Señora de la Merced, donde permanecieron tres años, formando la Asociación Parroquial, requisito previo para la Erección Canónica según las normas diocesanas vigentes.

No obstante, cuando los estatutos de la futura corporación fueron presentados al Obispado, la sede les fue denegada, ya que la Parroquia de la Merced cumplía también funciones de Santa Iglesia Catedral. Ante este revés, los miembros de la asociación buscaron un nuevo templo de acogida y encontraron en don Manuel Martín Gómez, párroco de Santiago Apóstol, el apoyo necesario para hacer realidad su propósito. Finalmente, el 11 de diciembre de 2001, la Cofradía fue erigida canónicamente en dicha parroquia.

Antes de este reconocimiento oficial, el 10 de marzo de 2001, en la Santa Iglesia Catedral, tuvo lugar la bendición de María Santísima Madre de Gracia. Desde entonces, la imagen ha protagonizado anualmente la Corona Dolorosa de Nuestra Señora por las calles del barrio del Molino de la Vega.

El 16 de marzo de 2005 se celebró otro hito importante: la bendición de Nuestro Señor Jesús de la Providencia, también en la Catedral. Ese mismo año tuvo lugar la primera salida procesional, en la que comenzó a vislumbrarse el espléndido conjunto escultórico que hoy conforma el misterio. En aquella primera ocasión, el paso incluyó las imágenes del Señor, la Virgen, San Juan y María Magdalena, además de la Santa Cruz. Numerosos hermanos participaron en este momento histórico, aunque aún no vestían la túnica nazarena. La procesión discurrió desde la Merced hasta la Parroquia de Santiago.

En los años siguientes, la hermandad mantuvo un recorrido similar cada Sábado de Pasión, realizando en la Parroquia de Santiago el Rito Penitencial “Per Crucem Ad Lucem”, una tradición que se remontaba a los tiempos de la Tertulia y que había sido inculcada por don Carlos.

Desde 2012, gracias a un acuerdo entre la Hermandad, el párroco y director espiritual don Daniel Valera Hidalgo, el Cabildo Catedralicio y el obispo don José, la Cofradía ha realizado su Estación de Penitencia cada Miércoles Santo desde la Iglesia de Nuestra Señora de la Merced hasta la Iglesia de la Concepción.

Durante este rito, la Cruz Penitencial, expuesta todo el año en el templo Concepcionista como testigo de los orígenes de la Cofradía, es portada por un penitente desde la salida de la procesión. Al llegar a la iglesia, ante el Santísimo y de rodillas, la entrega al sacerdote, quien la recibe y, tras pronunciar las oraciones propias del Rito Penitencial, la sustituye por un cirio blanco encendido. Este gesto simboliza el significado del recorrido de la hermandad por las calles de Huelva: «Por la Cruz a la Luz».

Tras diversas gestiones, en 2015 se planteó la posibilidad de trasladar la sede canónica de la Cofradía a la Parroquia de la Purísima Concepción. Para ello, el 20 de junio de ese año se convocó un cabildo en el que los hermanos con derecho a voto decidieron, por aclamación, aceptar el cambio. Posteriormente, el 9 de octubre de 2015, el obispo José Vilaplana Blasco firmó la concesión episcopal del traslado.

El 14 de noviembre de 2015, la Cofradía realizó el solemne traslado de su sede desde la Parroquia de Santiago Apóstol hasta la de la Purísima Concepción. Actualmente, las imágenes titulares, Nuestro Señor Jesús de la Providencia y María Santísima Madre de Gracia, se encuentran en su capilla propia, ubicada a los pies de la nave de la Epístola, junto al resto del conjunto escultórico que cada Miércoles Santo recorre las calles de Huelva: San Juan Evangelista, María Magdalena, María Cleofás, María Salomé, José de Arimatea y Nicodemo.