La Cofradía y Hermandad de la Transfixión y Soledad de la Madre de Dios fue aprobada el 11 de julio de 1556 por el obispo de Jaén, D. Diego Tavera. Su primera sede fue el Monasterio Carmelita de la Coronada, ubicado en el actual barrio de Santa Isabel.

En 1579, un conflicto entre la cofradía y los religiosos del monasterio provocó su salida del convento. Como consecuencia, un grupo de antiguos cofrades fundó la Cofradía del Santo Sepulcro, estrechamente vinculada a la comunidad carmelita.

Ese mismo año, la procesión de la Soledad partió desde el Monasterio de la Santísima Trinidad, y dos años después, la cofradía comenzó a organizar el Entierro de Cristo y la celebración de su Resurrección en la mañana del Domingo de Pascua.

Entre 1581 y 1584, la cofradía se trasladó al Convento de San Francisco, aunque se desconocen los motivos exactos de este cambio. Las tensiones con la Cofradía del Santo Sepulcro generaron problemas de orden público, lo que llevó a la firma de una concordia el 23 de marzo de 1619, estableciendo que ambas procesiones no podrían coincidir en su recorrido.

En 1675, se construyó una capilla para Nuestra Señora de la Soledad junto al Convento de San Francisco, financiada y decorada por devotos particulares.

En 1727 y 1728, el papa Benedicto XIII otorgó indulgencias plenarias a los cofrades de la Soledad, tanto a los vivos como a los difuntos.

El 4 de marzo de 1732, la Cofradía del Santo Sepulcro y la de la Soledad firmaron un nuevo acuerdo en el que se comprometieron a alternarse la oficialidad del Santo Entierro. Según esta concordia, en los años impares, la organización correspondía a la Cofradía de la Soledad.

A mediados del siglo XVIII, la Cofradía de la Soledad se fusionó con la de la Vera Cruz, lo que provocó la pérdida de su identidad como hermandad, aunque sus procesiones continuaron celebrándose bajo la tutela de la cofradía hermana durante casi dos siglos.

El siglo XIX fue especialmente convulso para la hermandad. El 21 de junio de 1808, durante la invasión napoleónica, las tropas francesas saquearon iglesias y destruyeron parte de los enseres de la cofradía.

Más adelante, la desamortización de Mendizábal en 1835 y 1836 provocó la salida de la cofradía del Convento de San Francisco de Asís. La imagen de Nuestra Señora de la Soledad fue trasladada a la Iglesia de San Ildefonso, mientras que el resto de las imágenes se ubicaron en la Ermita de San Clemente, en condiciones precarias. Durante gran parte del siglo XIX, las procesiones partieron desde San Clemente, pero a finales de la centuria ya lo hicieron desde San Ildefonso, actual sede de la cofradía.

Durante la Segunda República, el clima anticlerical llevó a la quema de iglesias, destrucción de imágenes y persecución de religiosos. En 1936, las imágenes de la Soledad fueron trasladadas en camión desde San Ildefonso a la Granja Agrícola, donde fueron destruidas.

El 3 de marzo de 1940, la cofradía se reconstituyó y se estableció canónicamente en San Ildefonso, con D. Juan López Aguilar como primer gobernador tras la reorganización. En 1943, durante el septenario, se bendijeron las nuevas imágenes del Cristo Yacente y de Nuestra Señora de la Soledad.

En los años del hambre posteriores a la Guerra Civil, la cofradía desempeñó una importante labor social:

1944: Se repartieron cien donativos a los más necesitados.

1946: Se ofreció una comida a 133 indigentes en los comedores de San Luis (Gota de Leche).

1949: Se organizó otro almuerzo para 200 personas.

Aunque tradicionalmente la procesión de la Soledad se realizaba en Viernes Santo, entre 1956 y 1974 se trasladó a Sábado Santo en los años pares, cuando no le correspondía la oficialidad del Santo Entierro.

El 6 de marzo de 1976, el marqués de Mondéjar, Jefe de la Casa Real, comunicó que el rey D. Juan Carlos I aceptaba el título de Gobernador Honorario de la Cofradía de la Soledad.

En 1993, los Gobernadores del Santo Sepulcro y la Soledad se reunieron para ratificar y actualizar el acuerdo de 1732. Se mantuvo la alternancia anual en la oficialidad del Santo Entierro, pero cada cofradía quedó libre de decidir qué imágenes procesionar.