La Cofradía del Santísimo Cristo de las Misericordias y Nuestra Señora de las Lágrimas, conocida como la Cofradía de los Estudiantes, se fundó el 16 de mayo de 1946 en la Iglesia Parroquial de San Bartolomé. Su primera Estación de Penitencia tuvo lugar el 31 de marzo de 1947 desde el Real Monasterio de Santa Clara, que fue su sede hasta 1991. A lo largo de su historia ha tenido que cambiar de sede en varias ocasiones por diferentes circunstancias, saliendo en 1960 y 1961 desde el Convento de La Merced, en 1962, 1963 y 1965 desde la Santa Iglesia Catedral y en 1964 por primera vez desde la Iglesia Parroquial de Nuestra Señora de Belén y San Roque, donde se asentó en 1966 durante catorce años. Finalmente, en 1980 se trasladó a la Iglesia Parroquial de Nuestra Señora de la Merced, donde permanece en la actualidad.

El titular de la cofradía es el Santísimo Cristo de las Misericordias, conocido también como Cristo del Bambú. Se trata de una talla anónima, fechada entre 1570 y 1575, atribuida al escultor Juan Bautista Vázquez «El Viejo». Fue expoliada durante la Guerra Civil y recuperada en 1941 en el Monasterio de Pedralbes. Ha sido restaurado en tres ocasiones, la primera en 1947 por Juan Martínez Cerrillo, la segunda en 1979 por Miguel Arjona Navarro y la tercera en 1998 por María José López de la Casa. El sobrenombre Cristo del Bambú se debe a tres posibles causas: la primera, aunque errónea, sugiere que la imagen fue tallada en bambú; la segunda hace referencia a las marcas de latigazos en la policromía, similares a golpes de caña, según el estilo artístico sevillano de la época; la tercera se relaciona con la decoración de cañas de bambú que antiguamente se colocaba en la Cruz o junto a ella. La imagen recibe culto durante todo el año en el Real Monasterio de Santa Clara, desde donde es trasladada en un devoto Vía Crucis a la Iglesia de La Merced en los días previos al Lunes Santo.

La imagen de Nuestra Señora de las Lágrimas es obra de Juan Martínez Cerrillo, realizada entre 1936 y 1938 para la Hermandad del Calvario de Córdoba, donde recibió la advocación de Nuestra Señora del Mayor Dolor y Esperanza. En 1945 dejó de ser titular de dicha hermandad y en 1947 fue adquirida por la Cofradía de los Estudiantes de Jaén por tres mil pesetas, sustituyendo a la Dolorosa prestada por la Condesa de Fuenrubia para la primera Estación de Penitencia. La imagen ha sido restaurada en dos ocasiones, en 1985 por su propio autor y en 1995 por Antonio Bernal Redondo en Córdoba.

Desde 1948 hasta 1975, con algunas lagunas temporales, la cofradía procesionó una imagen de María Magdalena, cedida por la Congregación del Santo Sepulcro. Se trata de una talla completa, en madera policromada, dorada y estofada, realizada en un taller valenciano en 1928. Tras el traslado de la cofradía a la Iglesia de la Merced, la imagen regresó a la Congregación del Santo Sepulcro.

En 2001, la Congregación de Misioneros Hijos del Inmaculado Corazón de María (Claretianos) puso fin a su labor en la Parroquia de Nuestra Señora de la Merced, sede canónica de la hermandad. Desde 1980 hasta su marcha, la cofradía compartió con los claretianos dos décadas de convivencia y colaboración, reconociendo su destacada labor misionera, apostólica y evangelizadora al servicio del pueblo cristiano de Jaén y de la propia hermandad.