La devoción a los Dolores de Nuestra Señora estuvo presente en Huelva desde los siglos XVII y XVIII, lo que motivó a los padres mercedarios a gestionar la fundación de una Venerable Orden Tercera de Siervos de María. Aunque no se conoce con exactitud la fecha de estas gestiones, se tiene constancia de que el 15 de diciembre de 1771, en el Convento de San Marcelo de Roma, el Prior General Fray Francisco Raymundo Adami firmó la licencia para la constitución de dicha congregación, otorgando así gracias, privilegios e indulgencias.

El 20 de junio de 1772, el Cardenal Arzobispo de Sevilla ratificó la aprobación de la congregación y aprobó sus reglas y constituciones. Poco después, el 8 de julio de ese mismo año, se logró la carta de agregación a la Archicofradía de Nuestra Señora de las Mercedes, lo que permitió que la nueva Hermandad se beneficiara de numerosos privilegios y gracias espirituales. De manera paralela, se llevó a cabo la fusión con la Cofradía de Nuestra Madre y Señora María Santísima de la Merced, conformando una sola corporación.

El fervor popular por la Virgen de los Dolores creció de manera notable, como lo demuestran diversas donaciones, peticiones para ser amortajado con el hábito de la hermandad y exvotos, destacando el de 1775 que narra la milagrosa curación de un platero de Huelva, Bernardo Basconcelos.

Un momento clave en la historia de la Hermandad fue la primera salida procesional de María Santísima de los Dolores durante la Semana Santa de 1792, consolidando así su carácter penitencial. En esta etapa también se incorporó la imagen de Nuestro Señor Jesucristo como Titular, eligiendo al Cristo de las Cadenas, una imagen de gran devoción en la ciudad.

A lo largo del siglo XIX, la Cofradía experimentó periodos de inestabilidad. En 1835, tras la desamortización de Mendizábal, el Convento Mercedario fue suprimido y la Hermandad quedó inactiva. Sin embargo, en 1862, bajo la dirección de Francisco de Paula Monís, la corporación fue reorganizada, saliendo en procesión nuevamente en 1863.

En 1881, se aprobaron nuevos estatutos que consolidaron la estructura de la Hermandad. A pesar de un breve periodo de inactividad entre 1870 y 1880, logró recuperarse con fuerza, procesionando sin interrupciones y siendo la única cofradía onubense en la calle en 1887 y 1889.

ajo el liderazgo de Pedro Garrido Perelló, a partir de 1912, la Hermandad vivió una de sus épocas más brillantes. Se estrenó el paso del Cristo de las Cadenas en 1913 y se inició la elaboración del actual paso de palio de María Santísima de los Dolores, finalizado en 1924. Además, en 1915, San Manuel González García fue nombrado Hermano Honorario, y en 1922, la Diputación Provincial de Huelva recibió el mismo reconocimiento.

Durante la Guerra Civil, la Hermandad evitó la destrucción gracias a que su sede, la Iglesia de la Merced, funcionaba como capilla del Hospital Provincial. Con la creación de la Diócesis de Huelva en 1953 y la conversión de la Merced en Catedral, la corporación estrechó lazos con la Iglesia onubense.

Tras la década de 1960, la Hermandad sufrió problemas debido al deterioro de los pasos y los cierres de la Iglesia de la Merced. Sin embargo, la figura de Manuel del Castillo, como Hermano Mayor, propició un resurgimiento. Se restauró el paso de 1913 y se inició la restauración de los bordados de María Santísima de los Dolores, culminada en 1992 con motivo del Bicentenario de su primera salida procesional.

En la década de 1980, la Hermandad comenzó una destacada labor social, promoviendo caravanas de ayuda a los necesitados y fortaleciendo la Bolsa de Caridad. En 1998, recibió el título de Hermandad Sacramental, y en 2012, la imagen de Nuestra Señora de la Merced se reincorporó a la Hermandad.

En los últimos años, la Hermandad ha seguido consolidándose. En 2016, se celebró el 75º aniversario del Cristo del Buen Viaje, y en 2022, el CCL Aniversario Fundacional con diversos actos y la imposición de la Medalla de Huelva a María Santísima de los Dolores.

A lo largo de su historia, la Hermandad de la Merced ha sabido superar dificultades y aprovechar los momentos de esplendor, manteniendo viva su devoción y compromiso con la comunidad. Con el ejemplo de María Santísima al pie de la cruz, sus hermanos han trabajado por legar una tradición de fe y servicio a las generaciones futuras.