La Real e Ilustre Hermandad Sacramental y Cofradía de Nazarenos del Santísimo Cristo de la Victoria, Nuestra Señora de la Paz y San Rafael Arcángel fue fundada el 23 de marzo de 1943 por integrantes de la Hermandad de Caballeros Mutilados y Excombatientes de la Guerra Civil Española. Entre sus fundadores destacan Juan Caballero Lama, Gregorio Requejo González y Juan Cerisola Rojas. La Compañía de Jesús, representada por el Padre Vergara Cordón, entonces Superior en Huelva, y el jesuita José Mª Gutiérrez Silva, mostró un gran interés en acoger a la hermandad en el antiguo Convento de San Francisco.

El contexto sociopolítico de la época y el carácter militar de la hermandad favorecieron su rápido crecimiento en sus primeros años. Gracias a la ideología en la que se fundamentaban sus creadores, la hermandad obtuvo sin demora las autorizaciones del Vicario General de la Archidiócesis de Sevilla, lo que le permitió realizar su primera salida procesional el Domingo de Ramos de 1943. En esta ocasión, la imagen de Nuestra Señora de la Paz, obra de Federico López Pereira, natural de Cartaya (Huelva), fue la protagonista. Durante la procesión, hermanos ataviados con uniformes militares llenos de condecoraciones acompañaban a los nazarenos, que vestían túnica blanca, cinturón de esparto y capirote negro con el escudo de la hermandad, compuesto por una cruz y un casco reglamentario del Ejército español rodeado de hojas de laurel. La procesión estuvo escoltada por la Guardia Municipal a caballo, mientras que una Compañía de Infantería y la Banda de Música del Regimiento Granada nº 34 cerraban el cortejo. En 1952, la imagen fue donada a la Hermandad del Santo Cristo del Mar en Punta Umbría (Huelva).

El fuerte vínculo con el ámbito militar quedó reflejado en los títulos honoríficos otorgados desde su fundación. La hermandad nombró Hermano Mayor Honorario y Predilecto al Jefe del Estado Español, y concedió el título de Hermanos Mayores Honorarios al capitán general de la Región, al gobernador militar de la plaza y al gobernador civil de Huelva.

A pesar de haber sido fundada en 1943, su instauración canónica se formalizó el 1 de febrero de 1944 en la Iglesia de San Francisco de la Compañía de Jesús. Inmediatamente, pasó a formar parte de la Congregación de Caballeros de San Ignacio de Loyola. Ese mismo año, procesionó por primera vez la nueva imagen de Nuestra Señora de la Paz, una obra del escultor ayamontino Antonio León Ortega. La imagen desfiló sobre un paso procesional de caoba tallada, realizado por J. Delgado en Bollullos Par del Condado (Huelva), y lució un manto procesional cedido por la Hermandad de la Macarena de Sevilla.

En 1945, la hermandad adquirió la imagen del Santísimo Cristo de la Victoria, también obra de Antonio León Ortega. La escultura representa el momento en que Cristo es despojado de sus vestiduras antes de la crucifixión. En su primera salida procesional, el Domingo de Ramos de 1945, la imagen fue llevada sobre el paso del patrón San Sebastián, cedido por la Corporación Municipal.

En noviembre de 1946, la hermandad encargó un nuevo paso procesional para el Santísimo Cristo de la Victoria al tallista Miguel Llacer. Este paso, de estilo churrigueresco, se estrenó en la Semana Santa de 1948. En sus esquinas destacan cartelas esculpidas por Pedro Gómez y Antonio Blunt, que representan diversos episodios de la Pasión. La madera fue adquirida en los talleres de González Barba, y el dorado corrió a cargo de F. Lobato y A. Barreda. La hermandad, que en sus primeros años contaba con un importante respaldo económico, encargó en 1949 nuevos respiraderos de metal plateado para el paso de la Virgen. La obra, realizada por el orfebre sevillano Eduardo Seco Imberg, presenta en los laterales imágenes de la Virgen del Pilar y la del Rocío, mientras que en el frontal destaca la representación de la Purísima Concepción. Estos respiraderos, restaurados en 1990 por Antonio Santos, siguen siendo utilizados en la actualidad.

Ese mismo año, la hermandad decidió completar el palio de Nuestra Señora de la Paz. Para ello, encargó a las religiosas de San Vicente de Paúl la confección de un manto, bambalinas y faldones en terciopelo blanco, decorados con motivos de castillos y leones. El conjunto fue elaborado en el Obrador de San Sebastián y se estrenó en la Semana Santa de 1949. En este año, además, los Estatutos fueron modificados para añadir como cotitular a San Rafael Arcángel.

Entre los numerosos estrenos de la época se encuentra la Cruz de Guía, dorada por Barreda. Durante años se creyó que la obra era de Antonio León Ortega, aunque en realidad fue realizada por el tallista Miguel Llacer. La confusión probablemente surgió porque León Ortega llevó a cabo su restauración en 1973, debido a las grietas y el deterioro del dorado.