La Primitiva, Pontificia y Real Congregación del Santísimo Cristo de la Vera-Cruz y María Santísima de los Dolores es una de las corporaciones cofrades más antiguas de Jaén, con sede canónica en la Basílica de San Ildefonso. Su presencia en la Semana Santa jiennense se manifiesta a través de sus dos salidas procesionales: el Domingo de Ramos, con la Oración en el Huerto y María Santísima de los Desamparados, y el Jueves Santo, con los cortejos de Jesús Preso, el Santísimo Cristo de la Vera-Cruz y María Santísima de los Dolores. Además, la Congregación cuenta con la imagen de San Juan Evangelista, que no procesiona en la actualidad.

Su fundación se remonta a mayo de 1541, en el antiguo convento de San Francisco, constituyéndose como la primera cofradía penitencial de Jaén. Desde sus inicios, tuvo como finalidad organizar una procesión en la noche del Jueves Santo, en la que participaban hermanos de sangre y de luz. En 1545, construyó su propia capilla, obteniendo gracias espirituales concedidas por los papas Paulo III, Paulo IV y Sixto V. Cinco años después, en 1550, fundó un hospital propio, consolidándose como una hermandad de gran importancia en la ciudad.

A lo largo de su historia, la Cofradía de la Vera-Cruz vivió diversos conflictos con otras hermandades, como la de las Cinco Llagas, con la que tuvo disputas en 1550 antes de fusionarse en el siglo XVII. También tuvo enfrentamientos con la Hermandad de la Soledad en 1556 y con la del Santísimo Sacramento y Cena del Señor en 1617. En 1726, la cofradía se reorganizó con la unión de varias hermandades, dando lugar a la Congregación de las Siete Escuadras, compuesta por la Santa Agonía (Oración en el Huerto), el Prendimiento, la Sentencia, la Flagelación, el Cristo de la Vera-Cruz, San Juan Evangelista y Nuestra Señora de los Dolores. Más adelante, en el siglo XVIII, también se sumó la Cofradía de la Soledad.

A partir de 1825, comenzó a ser conocida como la cofradía del «Señor del Trueno», debido a una tormenta que cayó sobre la ciudad durante su salida procesional. En 1836, tras la desamortización de Mendizábal, se trasladó a su actual sede en la Iglesia de San Ildefonso. Su reorganización se consolidó con la aprobación de nuevos estatutos en 1861, cuando la reina Isabel II le otorgó el título de Real. Durante la segunda mitad del siglo XIX, la cofradía experimentó una renovación en su estilo y en sus imágenes, adoptando influencias de las cofradías malagueñas y sevillanas. En 1948, la Congregación construyó su propia capilla dentro de San Ildefonso y reformó sus estatutos en 1957 y posteriormente en la década de 1980.

En el siglo XXI, la Congregación siguió evolucionando. En 2002, la Cofradía de la Oración del Huerto y María Santísima de los Desamparados cambió su salida procesional del Jueves Santo al Domingo de Ramos. En 2007, se incorporó la imagen de María Santísima de los Desamparados, enriqueciendo su patrimonio artístico. Durante el Año de la Fe en 2013, la cofradía participó en la Fides Sancti Regni con la Oración en el Huerto, reafirmando su compromiso con la religiosidad popular de Jaén.

Uno de los lazos institucionales más importantes de la hermandad se consolidó después de la Guerra Civil, cuando el Cuerpo de la Guardia Civil fue nombrado Hermano Mayor Honorario, convirtiéndose en un pilar fundamental de su protección e impulso. Actualmente, su procesión es un evento de gran interés devocional, ya que el paso es escoltado por la Guardia Civil y acompañado por la banda de cornetas y tambores de la Academia de la Guardia Civil de Baeza.

En el ámbito de la acción social, la Congregación desarrolla su labor a través del Patronato de la Vera-Cruz, centrado en la enseñanza y la educación cristiana. Entre sus proyectos más destacados se encuentran el Colegio Monseñor Miguel Castillejo y el Centro de Estudios Militares «VERA-CRUZ», reforzando su compromiso con la comunidad y la formación de valores cristianos.