La Cofradía del Santo Sepulcro fue fundada en 1580 en el Monasterio de Nuestra Señora de la Coronada, ubicado extramuros de la Puerta de Martos. Su origen estuvo ligado al conflicto con la Cofradía de la Transfixión y Soledad de la Madre de Dios, que había decidido abandonar el convento de los Carmelitas Calzados. En respuesta, los religiosos promovieron la creación de esta nueva cofradía, cuyos Estatutos fueron aprobados en junio del mismo año. Apenas un año después, ya contaba con más de dos mil cofrades.

Desde sus inicios, la hermandad escenificaba la ceremonia del Descendimiento de Cristo de la Cruz en la tarde del Viernes Santo, en las proximidades del convento. Para ello, utilizaban una imagen del Crucificado con brazos articulados, que permitían su colocación en la urna sepulcral tras la predicación del tradicional «Sermón del Descendimiento».

A lo largo de los años, la cofradía pasó por distintos templos hasta que, en 1695, se estableció definitivamente en la Iglesia de San Juan.

Para evitar conflictos con la Hermandad de la Soledad, el 23 de marzo de 1619 ambas cofradías firmaron una concordia, ratificada posteriormente en 1732. Según este acuerdo:

En los años pares, la Cofradía del Santo Sepulcro organizaría la Procesión del Entierro.

En los años impares, se encargaría de la Procesión de la Soledad.

Este sistema se mantuvo hasta 1993, cuando se firmó un nuevo acuerdo que permitió a cada cofradía celebrar sus procesiones de forma independiente, aunque respetando el turno tradicional de la oficialidad representativa del Santo Entierro.

En 1726, la cofradía fue reorganizada por el Licenciado D. Juan Manuel de Bonilla y Olivares.

En 1732, se convirtió en la Orden Tercera de los Servitas.

El 12 de agosto de 1756, obtuvo autorización del rey Fernando VI para fundar un Monte de Piedad, destinado a ayudar a los más necesitados y luchar contra la usura. Esta institución benéfica funcionó hasta la primera mitad del siglo XIX.

En 1907, se creó la Sección Sanjuanista, compuesta por cofrades jóvenes con reglas propias. Su elegante cortejo procesional hizo que fuera muy solicitada por otras cofradías para participar en sus procesiones.

En 1928, fue la primera hermandad de Jaén en contar con un paso de palio.

En 1991, se inició el proceso para la Coronación Canónica de Nuestra Señora de los Dolores, retomado nuevamente en 2010.

Desde el 15 de diciembre de 2011, las imágenes del grupo escultórico de El Calvario se encuentran en el Presbiterio de la Iglesia de San Juan y San Pedro.