La Hermandad de Jesús Despojado, tiene sus inicios en el año 1938, en la Parroquia de San Marcos, residiendo sus primeros años en la capilla de los Servitas. La idea del nacimiento de dicha Hermandad surge tras la reunión de un grupo de fieles, y una iniciativa, en la cual daban culto a las diferentes imágenes de la parroquia, las cuales fueron destruidas tras un incendio. 

Tras este varapalo, los hermanos de dicha Hermandad piden la creación de las nuevas imágenes, las cuales fueron encargadas a Antonio Perea Sánchez, quien entrega la actual imagen de Jesús Despojado en el año 1939 y, la imagen de la Virgen de los Dolores, dos años antes. Esta imagen de la Virgen de los Dolores y Misericordia, fue sustituida en el año 1961 por la imagen actual, obra de Antonio Eslava Rubio.

En referencia a la primera salida procesional de la Hermandad de Jesús Despojado, se ha de decir que se realizó desde la Iglesia de los Terceros, debido a las diferentes dimensiones y la dificultad salida del paso. Esta primera salida procesional se produjo el Domingo de Ramos de 1941, siendo Nuestro Padre Jesús Despojado de sus Vestiduras acompañado de un soldado romano y tres sayones judíos. Tras esta primera salida procesional, al año siguiente se llevó a cabo la salida el Lunes Santo y, en esta salida, ocurre comportamientos desordenados por parte de algunos nazarenos, lo cual supone un problema para dicha Hermandad durante varios años, llegando a pensar en una desaparición de la Hermandad.

Tras estos problemas, se llevó a cabo un intento de reorganización pero dichas imágenes fueron recibidas en la Parroquia de San Julián. Durante estos años, se encarga la imagen actual de la Virgen de los Dolores y Misericordia, y se bendijo el 2 de septiembre de 1962, reviviendo de esta forma la vida de la Hermandad. En el año 1971 se traslada dicha Hermandad a la Parroquia de San Bartolomé, en la cual recibieron las Reglas previas a una salida procesional, quedando canónicamente restaurada dicha Hermandad.

En 1975, se celebró de nuevo su salida procesional, el Sábado Santo, donde Jesús Despojado iba acompañado de los sayones, un centurión romano, el cual era obra de Álvarez Duarte, otro romano realizado por Emilio Pizarro y un sayón negro, propiedad de la Hermandad de la Esperanza de Triana, obra de Castillo Lastrucci. En el año 1977 se decreta su incorporación al Domingo de Ramos, a partir del año siguiente. En el año 1979, sale por primera vez el paso de Palio y, dos años más tarde, lo haría acompañada la Virgen de los Dolores y Misericordia de San Juan Evangelista.