La Hermandad de la Borriquita nace, en el año 1924, como la Cofradía del Niño Jesús de los Remedios y realizó su primera Estación de Penitencia, en el año 1930, desde la Iglesia del Convento de la Purísima Concepción de Almería. Tras esta primera salida procesional, la Cofradía siguió procesionando en el año 1931, 1934 y 1935, realizando este último año, esta salida procesional el Lunes Santo.
En la Guerra Civil, la Hermandad perdió todo el patrimonio de la Hermandad, entre las cuales se encuentran el Niño Jesús de los Remedios y Nuestro Padre Jesús en su Entrada en Jerusalén. Tras esta pérdida, y gracias al esfuerzo del párroco de la Iglesia de San Sebastián junto a componentes de Acción Católica, se organizó de nuevo la Cofradía con el nombre de Santísimo Niño Jesús del Remedio y Niños Hebreos, realizando la salida procesional en el año 1948, en el cual un niño montado en una burra representaba la Entrada de Jesús en Jerusalén. La Cofradía estaba formada por niños de edades entre 7 y 14 años.
Fue en el año 1957, cuando se adquiere la antigua imagen de Jesús en su Entrada en Jerusalén y la Hermandad siguió realizando su Estación de Penitencia hasta el Domingo de Ramos de 1970.
Tras estos años, comienza en el 1980 una nueva etapa para dicha Hermandad, procesionando desde su nueva sede, la S.A.I Catedral. Comienza, a partir de este año, una nueva reorganización. En 1982, la Hermandad recibe, mediante una donación, la imagen de una dolorosa bajo la advocación de Nuestra Señora de la Paz, la cual se incorpora a la salida procesional de la Hermandad en ese mismo año. Entre los años 1984 y 1985, la imagen de Nuestra Señora de la Paz fue restaurada y la Hermandad, en el año 1986, adquirió un paso en metal plateado de la Hermandad del Prendimiento de Almería, procesionando de esta forma las dos imágenes de los Sagrados Titulares en dicho paso. En el 1991, se realiza la primera salida procesional de la Titular Mariana bajo palio.
Cabe destacar que, la actual imagen de Nuestro Padre Jesús en su Entrada en Jerusalén, fue realizada entre el 1995 y 1996 y bendecida el 23 de marzo de 1996. Tras el incendio en la Catedral, en ese mismo año, se retira la imagen de la Virgen, siendo sustituida, tan solo un año, por otra dolorosa bajo la advocación de la Salud. En 1997, la Hermandad quedó inhabilitada quedando bajo la tutela de la Agrupación de Hermandades y Cofradías. En el 2000, la Hermandad fue acogida por la Parroquia de San Agustín y en el 2005 por la Parroquia del Espíritu Santo, su actual Sede Canónica, recibiendo, en ese mismo año, la imagen de Nuestra Señora de la Paz, la cual había sido restaurada.