La Hermandad de la Cena tiene su origen en el año 1983 bajo el nombre de Ilustre y Fervorosa Hermandad de la Santa Cena y María Santísima de la Esperanza Macarena. En el año 1984, se sustituye la advocación de María Santísima de la Esperanza Macarena. Fue en el 1986, tras la aceptación del párroco, cuando la Hermandad se traslada a la Iglesia Parroquial de San Pedro. Ese mismo año, antes de la celebración del Corpus Christi, se lleva a cabo la bendición de la primera imagen del Señor de la Santa Cena. Fue en 1987, el día previo a la salida procesional, cuando se bendice al apostolado que acompañaría al Señor de la Santa Cena, en la primera Estación de Penitencia por las calles de Almería, en la tarde del Domingo de Ramos.
Fue, tras dos años, cuando la Hermandad aprueba realizar la imagen de María Santísima de Fe y Caridad y la orfebrería íntegra del paso de palio. En el año 1990, el obispo Don Rosendo Álvarez Gastón bendice la imagen de la Titular Mariana, la cual realizaría Estación de Penitencia en ese mismo año. Tras ello, en el año 1993, la Hermandad aprueba la realización del nuevo paso para el Señor de la Santa Cena, que procesionaría por primera vez en 1995. Ya en el año 1996, tras la aprobación de los hermanos, se decide encargar, a José Antonio Navarro Arteaga, el nuevo misterio completo de la Santa Cena, formado por el nuevo Sagrado Titular y los Apóstoles. En el año 2003, la Hermandad adquiere un inmueble en el cual se edificará la nueva Casa Hermandad.
En el año 2005, la Hermandad participó en la primera Procesión Magna de Almería, la cual se celebró el Viernes Santo y, el misterio de la Cena, ocupó el segundo lugar entre la Hermandad de la Borriquita y la Hermandad de la Oración en el Huerto.
En 2007, se estrenó el nuevo hábito del cuerpo de nazarenos consistente en túnica blanca de cola ceñida con cinturón de abacá y el escudo de la corporación prendido en el antifaz, a la altura del corazón. Las túnicas primitivas, roja en el misterio y blanca en el palio, ambas de raso y con capa, quedan para el recuerdo en los manigueteros de cada uno de los dos pasos.
Entre los años 2008 y 2009, la Hermandad celebró su XXV aniversario fundacional, destacando la salida extraordinaria de María Santísima de Fe y Caridad.