El inicio de la Hermandad de la Misión comienza en 1836,  y se fue extendiendo por todo el mundo, de la mano de los Misioneros del Inmaculado Corazón de María.

En 1940, los Misioneros Claretianos, llegan a la barriada de Heliópolis, solicitando el permiso para que la Cofradía del Inmaculado Corazón de María tuviera su lugar en la Iglesia de su Residencia de Heliópolis. 

El 15 de octubre de 1948, es una fecha señalada ya que se lleva a cabo los primeros contactos con un grupo de seglares, siendo una fecha decisiva para dicha Archicofradía, en la cual se tuvo la primera reunión de la Junta Reorganizadora. Fue en 1949, los días 11 y 20 de febrero, cuando se procedió a la lectura de los Estatutos y Prácticas religiosas de la Archicofradía, aprobada por unanimidad por los hermanos presentes, los cuales fueron numerosos. En 1949 fueron aprobados los estatutos de la Archicofradía por el Arzobispado de Sevilla.

Tras ello, se llevo a cabo que, por primera vez, la Solemne Procesión de la primitiva imagen del Corazón de María con el fin de promocionar la devoción al Inmaculado Corazón de María, haciendo que el centro devocional fuera la Iglesia del Colegio San Antonio María Claret. 

En 1983, la Junta de Gobierno y el Párroco ven conveniente la creación de la Hermandad Sacramental, con el fin de incrementar la devoción y promover la religiosidad por el barrio a través de las facetas de gloria, eucarística y sacramentales. La importancia de la inclusión de la juventud en la Hermandad es fundamental para ello, con el fin de revitalizar la Hermandad. En febrero de 1983, llega a al Colegio la imagen de Nuestra Señora del Amparo.

Un año más tarde, en 1984, se decide encargar al joven imaginero, estudiante de Bellas Artes por aquella época, la creación de la imagen del Nazareno para el paso de misterio. 

Más adelante, se reconoce la labor de los hermanos en virtud del Decreto Arzobispal de 25 de marzo de 1987, gracias al cual se constituyó la Archicofradía del Inmaculado Corazón de María y Hermandad Sacramental del Santo Cristo de la Misión, Nuestra Señora del Amparo, San Juan Evangelista y San Antonio Mª Claret como asociación pública de fieles sujeta a la jurisdicción del Arzobispado de Sevilla, con sede canónica en la Parroquia de San Antonio Mª Claret.

El día 3 de marzo de 1988 se lleva a cabo la bendición de la talla del Santo Cristo de la Misión donada a la Archicofradía por el Grupo Joven. Días después, el 25 de Marzo, realizó su primera salida procesional por la calles de su Barrio en un Vía Crucis penitencial en el Paso de la Señora adaptado con un monte de claveles.