La actual Hermandad de las Aguas tiene su origen en la fusión de tres hermandades en diferentes períodos. La Hermandad de la Santa Cruz, fundada alrededor de 1635 y ubicada en un humilladero frente a las Atarazanas Reales, ahora la Capilla de Nuestra Señora del Rosario. La Congregación del Rosario, establecida en 1697 en el antiguo Convento de Nuestra Señora del Pópulo, ahora el Mercado del Arenal. Y la Hermandad de Penitencia de las Aguas, fundada en 1750 en el Convento de San Jacinto de Triana. En 1738, las dos primeras hermandades se fusionan con la intención inicial de acoger a la Congregación del Rosario, pero la devoción al Santo Rosario lleva a la Titular Gloriosa a ser encumbrada como Titular de la Capilla, popularmente conocida como Rosario de la Resolana. Posteriormente, en 1977, la Hermandad de las Aguas se consolida a partir de la fusión con la Hermandad de Penitencia en la Capilla del Rosario, lugar que se convierte en su sede canónica.

En marzo de 1750, debido a una prolongada sequía, un grupo de devotos del Cristo de las Aguas decide formar una Hermandad después de experimentar respuestas a sus plegarias al sacar en rogativas a la imagen anónima que hoy se encuentra en el Convento de los Padres Dominicos de Almagro. Adoptan como titular mariana a Nuestra Señora del Mayor Dolor, tallada por José Montes de Oca, para acompañar al Crucificado en su vía crucis hacia el Monasterio de Santa María de las Cuevas en la Isla de la Cartuja. En 1751, hacen su primera Estación de Penitencia a la Parroquia de Santa Ana. Diez años después, la Hermandad estrena dos nuevos pasos realizados por Andrés de Carmona. Sin embargo, enfrentan adversidades y procesionan solo cinco veces en los siguientes 20 años, atribuidas en parte a disputas con el Capataz de pasos Clemente García y las reformas impuestas por las Pragmáticas de Carlos III a partir de 1772. A pesar de intentos de normalización, como la presentación de sus Reglas al Real y Supremo Consejo de Castilla en 1787, la tramitación queda paralizada en 1796 por razones desconocidas.

Durante el siglo XIX, las Hermandades experimentaron altibajos políticos que llevaron a muchas de ellas a una disminución de sus actividades, entrando en periodos de inactividad. La Hermandad mencionada también sufrió este declive, especialmente después del cierre al culto de la Iglesia de San Jacinto en el último tercio del siglo. En un intento por sobrevivir, se unió de manera no oficial con la Hermandad de Santa María de la Candelaria y el Santo Patriarca San José.

A pesar de no procesionar durante casi un siglo, la Hermandad de las Aguas seguía siendo convocada a reuniones importantes. En 1876, el templo de San Jacinto reabrió al culto bajo el liderazgo del Capellán Eusebio Ortega y Maestre, quien impulsó la reorganización de dos Hermandades de Triana: La Estrella y Las Aguas.

En 1890, un grupo de jóvenes con interés cofrade, bajo la influencia del Capellán, sentaron las bases para la reorganización de la Hermandad de las Aguas. Finalmente, el Domingo de Ramos de 1892, la Hermandad de las Aguas realizó su primera procesión con un solo paso, el calvario, marcando el inicio de su participación activa en la Semana Santa de Sevilla. En los años siguientes, se adoptó el antifaz morado y se comenzó a adquirir un patrimonio bordado, encargado a Juan Manuel Rodríguez Ojeda.

Hacia 1909, los dominicos regresaron al templo de San Jacinto, pero la convivencia con la Hermandad se deterioró gradualmente. Esto llevó a la Hermandad a financiar la ejecución de una reja que separara su altar del resto del templo. Para financiar esta y otras mejoras, como el ajuar de las imágenes y las salidas procesionales, la Hermandad organizó obras de teatro benéficas, campañas de captación de hermanos y solicitó donativos.

La dirección de la Hermandad estuvo principalmente a cargo de «El Bizco de Triana», Ramón Gil Trujillo, quien gradualmente delegó responsabilidades en su hijo, Ramón Gil García. Se les empezó a llamar «Ramón el de Las Aguas» y a la Hermandad «Las Aguas de Ramón». Bajo su liderazgo, se lograron varios avances significativos:

• La finalización de los bordados de mantos, túnicas y mantolines de las imágenes, después de más de 20 años, en el taller de Juan Manuel Rodríguez Ojeda, con un estilo definitorio y propio.
• La sustitución del Paso anterior por uno nuevo, de mayor tamaño y calidad artística, encargado a Guillermo Muñiz.
• La introducción de solemnidad en los cortejos, dotándolos de un sello característico, lo que llevó a que la Hermandad fuera conocida como el «Silencio de Triana».
• La Hermandad fue altamente considerada en el mundo cofrade, liderando reformas como la incorporación de un nuevo día a la Semana Santa, el Lunes Santo.
• Antonio Illanes Rodríguez, vinculado a la Hermandad a través de su amistad con Ramón Gil Trujillo, llegó a ocupar el cargo de Hermano Mayor en dos ocasiones. En 1930, realizó una nueva imagen de crucificado para la Hermandad, y posteriormente renovó progresivamente las imágenes, excepto la Dolorosa.

Sin embargo, el 29 de octubre de 1942, un incendio fortuito destruyó todo lo logrado, incluyendo las ilusiones de los hermanos. Esto llevó a la Hermandad a cambiar de sede, dejando la Iglesia de Santiago el Mayor debido a las relaciones ya deterioradas con los titulares del Templo de San Jacinto.

El sábado 10 de diciembre de 1955, tras un solemne traslado, el Cristo de las Aguas y la Virgen del Mayor Dolor llegaron al Templo Parroquial de San Bartolomé, recibidos por el Párroco Don Salvador Díaz Luque y acompañados por numerosas representaciones de Hermandades.

Este cambio de sede parecía definitivo, pero duró solo 22 años, marcando tal vez el momento de mayor esplendor en el último siglo para la Hermandad de las Aguas. Sin embargo, este período radiante estuvo precedido por tensiones entre los hermanos, lo que llevó a que una Gestora gobernara la Hermandad durante tres años.

El fallecimiento de Ramón Gil García, sin descendencia masculina, posiblemente abrió la puerta para que la Hermandad evolucionara y entrara plenamente en el Siglo de Oro de las Cofradías.

La llegada de Juan Delgado Alba, años más tarde nombrado «Cofrade Ejemplar», supuso una revolución en la Hermandad. Encabezando un grupo de hermanos, implementó cambios significativos, como el dorado de las cartelas del canasto, el cambio de la banda de música por una agrupación musical, la realización de nuevas insignias y varas, y la ampliación del número de nazarenos, entre otros.

Además, en 1966 se incorporó una nueva Titular, María Santísima de Guadalupe, obra de Luis Álvarez Duarte, que se procesionaba bajo palio, atrayendo devotos de Sevilla y más allá.

En medio de este esplendor, surgió el deseo de emancipación y cambio de sede para obtener mayor independencia. Paralelamente, la Hermandad del Rosario de la calle Dos de Mayo estaba al borde de la desaparición. Se optó por fusionarse y convivir en el Barrio del Arenal, rechazando otras posibilidades de templos y lugares de culto.

El Lunes Santo 4 de Abril de 1977, la Cofradía de las Aguas salió desde la Iglesia de San Bartolomé, realizando su Estación de Penitencia en la Catedral de Sevilla antes de adentrarse en el Barrio del Arenal y llegar a la maltrecha Capilla de Nuestra Señora del Rosario. Tras obras de mejora en el templo, la Corporación inició una nueva etapa después del Decreto de Fusión de 12 de Diciembre de 1977.

Sin embargo, el destino errante de la Hermandad se hizo evidente nuevamente a finales de 1988, cuando las obras de cimentación para el Teatro de la Maestranza produjeron grietas en la Capilla del Rosario, obligando a la Hermandad a abandonar su sede el 12 de Febrero de 1989 y refugiarse en la Parroquia del Sagrario.

Durante estos años, desde 1989 hasta 1993, la Hermandad realizó su Estación de Penitencia desde la Iglesia de los Terceros, gracias a la colaboración de la Hermandad de la Cena.

En 1993, la imagen del Santísimo Cristo de las Aguas presidió el Acto de Clausura de los Cursillos de Cristiandad en la Plaza de Toros de la Real Maestranza de Caballería de Sevilla.

En la Cuaresma de 2001, la Hermandad celebró un Quinario Extraordinario en la Real Parroquia de Santa Ana con motivo del CCL Aniversario Fundacional, culminando con una procesión de las imágenes del Santísimo Cristo de las Aguas y Nuestra Madre y Señora del Mayor Dolor desde la Capilla de los Marineros hasta la Capilla del Rosario.

El Domingo 16 de Mayo de 2004, la Virgen de Guadalupe realizó un Rosario Público con motivo del CL Aniversario del Dogma Concepcionista, visitando importantes lugares de la ciudad como el Monumento a la Inmaculada Concepción, la Parroquia del Sagrario y la Capilla Real de la Catedral.