El comienzo de la Hermandad de los Ángeles tiene lugar en el año 1995, cuando un grupo de cofrades de la capital, procedentes de las Hermandades de Macarena y Silencio, proponen la formación de una nueva Hermandad en el barrio de los Ángeles. Fue en 1996, el 24 de abril, cuando se constituye la Asociación Pro-Hermandad de Cofradía de Nuestro Padre Jesús de la Misericordia en su Crucifixión y María Santísima de los Ángeles, aprobando los primeros estatutos de la Hermandad e inscribiéndose en el Registro del Ayuntamiento de entidades ciudadanas, el 9 de julio de 1999.
En este mismo año, meses antes, se produjo la primera procesión por las calles de la Parroquia y, el 2 de agosto, día de Nuestra Señora de los Ángeles, se lleva a cabo la procesión por el barrio de Santa María de los Ángeles. Dos años más tarde, tras la decisión de la Agrupación de Hermandades y Cofradías de la ciudad de Almería, se elige el Domingo de Ramos como día de salida de dicha Hermandad, procesionando por Carrera Oficial el 8 de abril de 2001.
Ese mismo año, se produce la compra del local con el fin de convertirlo en la nueva sede social y Casa Hermandad. En el año 2004, sin aún estar finalizadas las obras, se produce por primera vez la procesión de Nuestra Señora de los Ángeles desde dicho lugar. El cortejo, formaba previamente en el interior de la Parroquia y salía de manera organizada a la Casa Hermandad.