La Hermandad, fundada en 1945 en Sevilla, surgió dentro de la Compañía de Jesús con el propósito de atraer, formar y perfeccionar a los jóvenes. Originalmente formada por tres congregaciones marianas: los Luises, los Kostkas o Estanislaos y los Javieres, cada una dedicada a un santo patrón. La idea de la Hermandad comenzó a tomar forma en 1945 bajo la dirección espiritual del padre José Luis Díez Gutiérrez-O’Neill. En 1955, se aprobaron las Reglas de la Hermandad, estableciendo su salida en Martes Santo en honor al nacimiento de San Francisco Javier. La primera procesión tuvo lugar en 1957, inicialmente solo con la imagen de Cristo, llevada por costaleros desde 1977. En 1980, la Hermandad celebró su 25 aniversario con eventos culturales y conferencias. En una ocasión especial, la Virgen de Gracia y Amparo fue trasladada a la Catedral bajo palio, luciendo un manto azul y mallas prestadas por otra Hermandad.

El Reverendo Padre D. José Luis Díez S.J. encargó a José Luis Pires Azcárraga la realización del Cristo en un contrato firmado el 11 de abril de 1945, acordando un precio final de 6.500 pesetas. Esta imagen, esculpida en madera de pino de Flandes y con una altura de 168 centímetros, representa a Cristo muerto, con una musculatura robusta y poco detallada, mostrando claramente el sufrimiento en su rostro fruncido y los párpados cerrados. Sus piernas son fuertes y los pies tienen un ligero giro hacia adentro.

El Cristo realizó su primera procesión el Martes Santo de 1957, saliendo desde la Iglesia del Sagrado Corazón de Jesús, donde fue creada, en un único paso completamente terminado.

A lo largo del tiempo, la imagen ha sido sometida a tres restauraciones: la primera por el imaginero Francisco Espinosa de los Monteros en 1956, quien retalló las piernas y proporcionó una nueva cruz arbórea; la segunda restauración fue realizada por Jesús Santos Calero en 1990; y la tercera por Juan Manuel Miñarro López en 1998, quien realizó repintes, limpió la policromía y proporcionó una nueva corona de espinas.

La Virgen de la Hermandad fue encargada al escultor Fernández-Andes por el Rvdo. Padre D. José Luis Díez S.J. en 1945, siendo esculpida en madera de pino con una apariencia adolescente, con facciones delicadas y una expresión de gran ternura. Los detalles incluyen ojos entornados, cejas suavemente curvadas, cinco lágrimas en las mejillas y una boca entreabierta que muestra los dientes superiores.

En 1965, durante las misiones generales en Sevilla, la Virgen fue trasladada a la barriada de Los Pajaritos, siendo llevada a hombros por sus devotos y presidiendo el cruce de las calles Azor y Estornino.

En el Martes Santo de 1969, la Virgen salió en Estación de Penitencia a los pies del Crucificado en posición «Stabat Mater», y desde 1980 lo hace en su paso de palio.

A lo largo de los años, la talla ha sido restaurada solo una vez por Manuel Ramos Corona, quien retocó la boca y el entrecejo, además de realizar un nuevo candelero en 1992. En 2015, la restauradora Dª Esperanza Fernández llevó a cabo labores de limpieza y conservación.