El 18 de julio de 1554, el provisor del arzobispo de Sevilla, Fernando de Valdés, aprobó las primeras reglas de la Hermandad del Santísimo Cristo de la Sangre y María Santísima de la Encarnación, con sede en el monasterio franciscano de Nuestra Señora de la Victoria, en el barrio de Triana. Esta fue la primera corporación fundada con ese carácter en dicho arrabal. Aunque no era una hermandad de carácter gremial, la mayoría de sus cofrades fundadores eran carpinteros de ribera y calafates del puerto camaronero.

Después de una breve estancia en la parroquia de Santa Ana, hacia 1565, los cofrades adquirieron en propiedad un solar en la cava vieja, donde construyeron una casa hospital y una capilla para el culto de sus imágenes: el Cristo de la Sangre, un crucificado tallado en 1553 en pasta de madera por Francisco de Vega y policromado por Pedro Jiménez, y la Virgen de la Encarnación, una imagen de gloria que presidía el altar mayor y daba nombre al templo y hospital. Esta última era una efigie de candelero para vestir, atribuida al círculo artístico de Juan Bautista Vázquez «el Viejo», y aunque muy retocada, aún se conserva en la corporación.

En 1587, el cardenal Rodrigo de Castro emitió un decreto por el cual todos los hospitales existentes en la ciudad (cuya cifra estaba cerca del centenar) se reducirían para un mejor servicio, fusionando sus propiedades en dos grandes centros: el hospital del Amor de Dios y el del Espíritu Santo. Ante esta situación, los hermanos defendieron ante la comisión designada a tal efecto la propiedad del hospital, así como la necesidad de mantener el culto diario en esa zona del barrio, lo que llevó a dicha comisión a desistir de su propósito inicial.

En esta época, la hermandad realizaba regularmente su estación de penitencia a la parroquia de Santa Ana en la tarde del Jueves Santo con la imagen del crucificado, pasando a partir de 1634 a realizarla en la tarde del Viernes Santo, y añadiendo por esa época una imagen dolorosa de la Virgen para presidir su paso de palio.

A lo largo del siglo XVII, la Hermandad experimentó un cierto esplendor y popularidad. Se beneficiaba de tributos por juros y mandas testamentarias, alquileres de propiedades en el barrio, aportaciones de fundaciones de capellanías de misas y donaciones de devotos. Durante este período, se llevaron a cabo importantes obras de reforma en la capilla, así como la renovación de los dos pasos procesionales.

Ya en el siglo XVIII, la corporación estaba plenamente consolidada y realizaba regularmente su estación de penitencia por el barrio, especialmente a partir de la segunda mitad de la centuria. No descuidaba los cultos anuales y, en particular, la función anual a la Virgen de la Encarnación, que se celebraba en su festividad litúrgica el 25 de marzo.

El 18 de febrero de 1763, el provisor del cardenal Solís aprobó las nuevas reglas de la hermandad, redactadas el año anterior para sustituir a las primitivas, que se habían extraviado. Estas nuevas constituciones fueron posteriormente aprobadas por el Consejo Supremo de Castilla el 16 de septiembre de 1789.

Entre 1780 y 1793, la primitiva imagen dolorosa de la Virgen de la Encarnación fue sustituida por la que se venera en la actualidad, atribuida al escultor de origen valenciano Blas Molner Zamora. En 1792, la capilla sufrió las terribles consecuencias de una riada que afectó a Triana, lo que provocó el desplome de sus pilares y techumbres. La hermandad se vio obligada a realizar una profunda restauración, lo que representó un importante gasto económico que afectó negativamente a la vida de la corporación, suspendiéndose la salida procesional durante varios años. El 18 de mayo de 1794, como acción de gracias por la finalización de las obras, se celebró una solemne función y posterior procesión con la Virgen de la Encarnación de gloria.

En la procesión de 1808, el Cristo de la Sangre sufrió un accidente al caer al suelo y romperse en pedazos, revelando así su autoría al encontrarse un documento en su interior. Afortunadamente, la imagen pudo ser restaurada, y se celebró una solemne función al ser repuesta al culto el 25 de marzo de 1809.

Treinta y seis años después, el 25 de marzo de 1830, se llevó a cabo una nueva procesión letífica por el arrabal trianero con la imagen de la Virgen de la Encarnación de gloria, que no había salido en todo ese tiempo.

El Viernes Santo de 1845 marcó un hito para la Hermandad, ya que realizó por primera vez su estación de penitencia hasta la Catedral atravesando el puente de barcas que unía Triana con Sevilla. En esa ocasión, se estrenaba el paso del Cristo, de estilo neoclásico. Además, el paso de palio, labrado en plata, era considerado el más rico de la época y en su techo figuraba una paloma, lo que llevó a la dolorosa a ser conocida como la “Palomita de Triana”. Los nazarenos vestían túnicas de cola de color rojo en el Cristo y negro en la Virgen. Sin embargo, poco después, la hermandad entró en decadencia y procesionó por última vez desde Triana en 1848.

No sería hasta 1868 cuando la hermandad resurgiera, llegando incluso a celebrar una procesión con la imagen de la Virgen de la Encarnación de gloria. Pero ese mismo año, la Junta Revolucionaria decretó el cierre al culto de la capilla. En 1874, la capilla fue finalmente derruida, y al año siguiente, en 1875, la dolorosa fue trasladada a la Iglesia de San Benito. Un año más tarde, en 1876, el crucificado fue llevado a Sanlúcar la Mayor para ser titular de la Hermandad de la Vera Cruz. Estos acontecimientos marcaron el fin de la etapa trianera de la hermandad y el inicio de la devoción a la Virgen de la Encarnación en el barrio de la Calzada.

El 6 de junio de 1921, el provisor del cardenal Almaraz aprobó las nuevas reglas de la Hermandad, que establecieron su sede canónica en la iglesia filial de San Benito Abad. En estas nuevas reglas se añadió el título de la Sagrada Presentación de Jesús al Pueblo, y se fijó su estación de penitencia en la tarde del Martes Santo.

Al año siguiente, en 1922, la Hermandad procesionó por primera vez desde su nueva sede con dos pasos: el primero representaba a Jesús en el momento de su presentación al pueblo, obra tallada por Esteban Domínguez y que hoy se venera con la advocación de Cautivo en Villanueva del Río. El segundo paso, prestado por varias hermandades de la ciudad, incluía la imagen de la Virgen de la Encarnación bajo palio. Los nazarenos vestían túnicas blancas con antifaz y capa negra en el Cristo, y túnicas y antifaces blancos con capa roja en la Virgen.

Después de esta primera salida, la Hermandad no volvería a procesionar hasta 1928, cuando lo hizo con el nuevo misterio de la Presentación al Pueblo, incluida la imagen del Señor, obra del escultor Castillo Lastrucci. En 1930, se incorporó al cortejo la imagen de la Virgen de la Encarnación, estrenando para ello la totalidad de sus enseres.

A lo largo de los años, la Hermandad experimentó varios cambios y mejoras, incluyendo la bendición de una nueva imagen del Cristo de la Sangre tallada por Francisco Buiza en 1966, y la coronación canónica de la Virgen de la Encarnación en 1994, realizada por el arzobispo de Sevilla Fray Carlos Amigo Vallejo.

En el año 2003, se conmemoró el 75 aniversario de la bendición de la imagen del Señor en su Sagrada Presentación al Pueblo, y en 2004 se celebró el 450 aniversario fundacional de la hermandad con diversos actos y una procesión extraordinaria de Nuestra Señora de la Encarnación.

Finalmente, el 25 de marzo de 2009, el cardenal de Sevilla Fray Carlos Amigo Vallejo bendijo el nuevo retablo para la remozada capilla del Santísimo Cristo de la Sangre, ejecutado en madera de cedro por el taller de Hermanos Caballero.

El 25 de marzo de 2011, el obispo auxiliar de Sevilla Santiago Gómez Sierra bendijo la Casa de Hermandad tras las reformas realizadas desde mayo del año anterior. También bendijo los retablos cerámicos que representan a los titulares cristíferos, situados a los lados de la puerta de los pies de la iglesia, junto a un tercer retablo que representa a la Virgen de la Encarnación y que se sitúa sobre la puerta de entrada de la Casa de Hermandad. Estos retablos fueron pintados por el ceramista Manuel Ruiz Hurtado.

En 2019 se conmemoró el 25 aniversario de la coronación canónica de la Virgen de la Encarnación. Para celebrarlo, la imagen fue trasladada en su paso de palio la tarde del día 13 de diciembre hasta la catedral, donde al día siguiente se celebró un Solemne Pontifical presidido por el arzobispo Asenjo Pelegrina. Posteriormente, en la mañana del 15 de diciembre, la imagen regresó en procesión triunfal hasta su sede canónica.

Finalmente, en 2021 se celebró la conmemoración del primer centenario de la reorganización de la hermandad en San Benito. Esta conmemoración culminó con la celebración el 11 de diciembre de un rosario vespertino con la imagen de la Virgen de la Encarnación hasta el asilo de las Hermanitas de los Pobres, y una eucaristía de acción de gracias celebrada el 28 de diciembre.