La Hermandad de Santa Cruz tiene sus raíces en la devoción al Cristo de las Misericordias, venerado en la Iglesia Parroquial de Santa Cruz. Fundada en 1904, sus primeras Reglas fueron aprobadas durante el mandato del Cardenal Spínola el 13 de septiembre de ese año. Su primera procesión tuvo lugar el Martes Santo de 1905, partiendo desde la Iglesia Conventual de Madre de Dios.

Inicialmente, la Hermandad experimentó dificultades financieras y de organización, incluso llegando a suspender la procesión en 1909. Sin embargo, con el apoyo del Cardenal Almaráz, lograron reanudarla en 1910. Tras algunos problemas internos y el fallecimiento del primer Hermano Mayor en 1911, la Hermandad sufrió un declive que casi la lleva a extinguirse.

En 1917, un grupo de feligreses revitalizó la Hermandad, encabezados por el sacerdote D. José Sebastián y Bandarán. Se reorganizó la Hermandad y se decidió construir un paso de palio para la Virgen de los Dolores. Sin embargo, la llegada de la imagen de la Virgen de la Antigua Siete Dolores y Compasión causó disputas internas en 1920. A pesar de ello, la Hermandad logró procesionar en 1921.

En 1922, la Hermandad se consolidó con la presentación de un nuevo paso para el Cristo de las Misericordias, diseñado por Aníbal González y ejecutado por Manuel Casana. En los años siguientes, la Hermandad creció en membresía y en patrimonio, celebrando su 50 aniversario en 1954 con la incorporación de la imagen original de la Virgen de los Dolores, obra de Emilio Pizarro.

En la década de 1970, la Hermandad vivió un período de prosperidad, con la creación de una casa de hermandad, la formación de una cuadrilla de costaleros en 1978 y la realización de nuevos proyectos artísticos, incluida la sustitución del paso de Cristo en 1975.

En las últimas dos décadas, la Hermandad ha continuado prosperando, realizando mejoras en su patrimonio inmobiliario y artístico, así como en sus actividades sociales y culturales. Eventos notables incluyen la restauración de las imágenes, la celebración del centenario en 2005 y la adaptación a las circunstancias, como el traslado temporal durante las obras de consolidación de la iglesia parroquial.