La Hermandad de Penitencia de Santa Marta fue fundada en 1949, durante la festividad de Santa Marta. La Junta de Gobierno redactó las Reglas de la Cofradía, estableciendo la advocación del Cristo titular como de la Caridad y la de Nuestra Señora de las Penas para la Santísima Virgen. Adoptaron el misterio del Traslado al Sepulcro, un momento de la Pasión sin representación en otras cofradías.

Enfatizaron la práctica de la caridad, creando el cargo de Diputado de Caridad para administrar el 20% de los ingresos destinados a labores asistenciales y estableciendo una beca para estudios en el Seminario de hijos de miembros del Gremio de Hostelería.

El 28 de septiembre de 1949, la Hermandad fue erigida canónicamente. En 1950, encargaron una imagen de Santa Marta al escultor Sebastián Santos, bendecida el 28 de julio. Se les otorgó el uso de la Capilla de Nuestra Señora de los Dolores en la Parroquia de San Bartolomé, donde establecieron su sede con una Sala Capitular. Se colocó un retablo de cerámica en recuerdo de la fundación y estancia, con la imagen de Santa Marta.

En el proceso de formar el misterio del Traslado al Sepulcro para la Hermandad de Penitencia de Santa Marta, inicialmente se intentó obtener imágenes de gran calidad artística y antigüedad de diferentes templos en la ciudad, pero estas gestiones no tuvieron éxito. El imaginero Sebastián Santos Rojas presentó una maqueta del misterio, pero debido a su enfermedad, no se pudo concretar. Solo se conserva la figura de Nuestra Señora de las Penas de dicha maqueta.

Después de declarar desierto un concurso nacional, el escultor Luis Ortega Bru propuso un boceto que fue aceptado por la Hermandad. Desarrolló la mayor parte del trabajo entre 1951-52 en el taller de Juan Pérez Calvo, mientras que la terminación se realizó en los salones de la Capitanía General de la Región Aérea del Estrecho. En las Semanas Santas de 1950, 51 y 52, la representación del misterio participó en la Estación de Penitencia del Martes Santo de la Hermandad de San Esteban.

Debido a las dimensiones del paso que procesionaría el misterio del Traslado al Sepulcro, la Hermandad decidió gestionar su traslado a otra iglesia, ya que las calles alrededor de San Bartolomé eran estrechas. La autoridad eclesiástica autorizó el cambio de sede a la Parroquia de San Andrés Apóstol el 13 de noviembre de 1952. El 25 de noviembre de ese mismo año, la imagen de Santa Marta fue trasladada procesionalmente a la nueva iglesia y colocada provisionalmente en un altar al pie de la nave del Evangelio.

Para permitir la salida procesional, la Hermandad realizó obras de ampliación en la puerta de la parroquia que daba a la Plaza de San Andrés en los años 1952-53. Se colocó una hornacina con la Inmaculada y un nuevo cancel, realizado por Carpintería Casana. Además, la Hermandad recibió una capilla en la nave de la epístola, antiguo atrio de una puerta del templo en desuso, y toda la parte trasera del templo. Acondicionaron esta capilla y su entorno, construyendo dependencias y labrando la hermosa fachada y puerta que da a la actual Plaza de Fernando de Herrera.

El 28 de marzo de 1953, el Cardenal D. Pedro Segura y Sáenz bendijo solemnemente las imágenes del Santísimo Cristo de la Caridad y de Nuestra Señora de las Penas, así como las de San Juan Evangelista, María Magdalena, María Salomé, Nicodemo y José de Arimatea, que formaban parte del paso procesional junto con Santa Marta. También bendijo el juego completo de insignias de la Cofradía.

Durante la homilía de este acto, al usar el término «Venerable Hermandad», el Cardenal concedió a la Hermandad el título de Venerable, tras la solicitud correspondiente.

El 30 de marzo de 1953, Lunes Santo, la Hermandad realizó su primera Estación de Penitencia a la Santa Iglesia Catedral, siendo la primera de ese día. La procesión destacó por la belleza del paso y las imágenes, generando gran expectación y recibiendo una cálida acogida por parte del pueblo de Sevilla. La austeridad, orden, silencio y religiosidad observados por el cuerpo de nazarenos de la Cofradía también fueron notables. Con esto, en menos de cuatro años, concluyó la etapa fundacional, marcada por los ambiciosos objetivos e ilusiones de un grupo de hoteleros sevillanos.

A partir de entonces, la Hermandad inició una nueva etapa para consolidarse. En la segunda salida, el Lunes Santo 12 de abril de 1954, la lluvia obligó a la Cofradía a refugiarse en la Parroquia del Divino Salvador, sin poder llegar a la Catedral, regresando posteriormente a San Andrés. Durante este período, destacaron eventos como el nombramiento como Hermano Mayor Honorario del Vicario General del Arzobispado, D. Tomás Castrillo Aguado; la misma distinción otorgada al Ministro de Información y Turismo, D. Gabriel Arias Salgado; la sustitución en 1954 de la imagen de Nuestra Señora de las Penas por otra nueva, también tallada por Luis Ortega Bru; y el fallecimiento el 7 de octubre de 1955 del Hermano Mayor fundacional D. Carlos Raynaud Ricca, asumiendo la dirección de la cofradía el Teniente de Hermano Mayor D. Pedro de Torres Gracia.

En 1957, fue elegido Hermano Mayor el miembro fundador y primer mayordomo D. José Luis Ruiz Muñoz, quien desempeñó este cargo hasta 1963. Durante su mandato, se sustituyó nuevamente la imagen de Nuestra Señora de las Penas por la actual Dolorosa, obra del imaginero Sebastián Santos Rojas. Con motivo de la situación de los suburbios surgidos tras las inundaciones de la ciudad, en 1959 se acordó pignorar todos los objetos de culto y procesionales, aunque esta acción no se pudo llevar a cabo. También en esta época se realizaron gestiones para trasladar la sede canónica de la Hermandad a la iglesia de San Hermenegildo en la plaza de la Gavidia.

En un Cabildo General de fecha 29 de octubre de 1961, se aprobaron nuevas Reglas. En el Lunes Santo de 1963, la Estación de Penitencia se llevó a cabo a pesar de la lluvia. El 4 de mayo de dicho año se celebraron nuevas elecciones, siendo elegido Hermano Mayor D. Raúl Rispa de la Corchuela, quien falleció mientras desempeñaba el cargo. Temporalmente, fue sustituido por el Teniente de Hermano Mayor D. Antonio Vigil-Escalera Tomé, quien no optó al cargo por considerar que siempre debía ser ocupado por un hotelero.

Con la elección de D. Manuel Otero Luna como Hermano Mayor en 1970, quien fue el último hotelero en desempeñar este cargo, la Hermandad experimentó una etapa de apertura después de un período de crisis causado por la evolución socioeconómica en el sector hotelero de la ciudad. Se superaron los límites gremiales, y se dio cabida a diversas personas que, en línea con el espíritu fundacional, lograron revitalizar la Hermandad.

En mayo de 1970, se formó la Junta Auxiliar de Juventud, que reunió a los hermanos jóvenes y se convirtió en un auténtico fermento de actividad y renovación. En 1971, se adquirió una casa con la intención de convertirla en Casa de Hermandad, pero debido a su mal estado, fue derribada junto con toda la manzana, siendo el solar expropiado por el Ayuntamiento para la creación de la actual Plaza Fernando de Herrera. En 1973, se celebró el XXV aniversario de la fundación de la Hermandad, y el Ministerio de Información y Turismo otorgó la Placa de Plata al Mérito Turístico, entregada el 23 de abril de 1978.

Después del Sínodo Hispalense de 1973, cuyas directrices de renovación eclesial fueron acogidas en la Hermandad, se acordó en 1975 redactar nuevas Reglas. El resultado fue un texto de Reglas actual, vivo e innovador, adaptándose a los nuevos tiempos de la Iglesia y sirviendo de modelo para otras Hermandades. Estas fueron aprobadas en noviembre de 1976 por el Cabildo General y ratificadas por la autoridad eclesiástica el 28 de enero de 1977.

En el Lunes Santo de 1976, día de fuertes lluvias, la Hermandad decidió realizar la procesión solo con la imagen del Santísimo Cristo de la Caridad, llevado por cuatro nazarenos, mientras el resto del cortejo penitencial marchaba con cirios sin insignias. Fue la única cofradía en realizar su estación ese día, conmoviendo a quienes presenciaron el evento.

El 25 de febrero de 1977, D. Manuel Martínez Navarro asumió el cargo de Hermano Mayor. Se establecieron actos de culto emblemáticos, como el Besapiés al Santísimo Cristo de la Caridad el Domingo de Pasión o el Besamanos a la Santísima Virgen de las Penas, ambos desde 1977, y el traslado al paso el Jueves de Pasión, desde 1978. Se destacó la restauración de las imágenes del Traslado al Sepulcro en 1977 por el imaginero Luis Ortega Bru, así como la reforma de las dependencias en San Andrés, inauguradas el 19 de octubre de 1980 por el Cardenal Bueno Monreal. En esa ocasión, se le otorgó al Hermano Mayor la primera Medalla de Oro de la corporación.