El año 1575 marca el nacimiento de la Cofradía de la Expiración de Nuestro Señor Jesucristo en Sevilla. Se cree que un grupo de hombres devotos, principalmente plateros, se conmovió profundamente durante el Sermón de Pasión predicado en un templo desconocido de la ciudad. Aunque algunos autores sugirieron que la cofradía fue iniciada por plateros, investigaciones históricas más rigurosas desmienten esta afirmación.

Según documentos descubiertos por el investigador Celestino López Martínez, la cofradía fue oficialmente fundada el 6 de noviembre de 1575 en la Iglesia de San Andrés, donde se otorgó poder a dos alcaldes para manejar los asuntos de la cofradía. Posteriormente, la cofradía se trasladó al Convento de la Merced.

Entre los asuntos más importantes estaba la aprobación de la Regla, obtenida dos días antes de la fundación, y el encargo de la imagen del Cristo titular, descrito como levantando la cabeza al cielo en llamamiento a su Padre Eterno. La Regla, aprobada por el Cardenal Arzobispo Cristóbal de Rojas y Sandoval, estableció la tarde del Viernes Santo para la estación de penitencia y designó como cultos corporativos las fiestas de la invención de la Santa Cruz, la Natividad de la Virgen y la de Todos los Santos.

El manuscrito de la Regla de 1575, conservado en el Archivo Histórico Nacional, revela que la fundación de la Cofradía de la Expiración de Nuestro Señor Jesucristo no especifica la profesión de los fundadores. Más bien, describe a un grupo de personas devotas movidas por un celo piadoso y el deseo de aumentar el culto a Dios y las prácticas de virtud. Estos devotos establecieron la cofradía en la Iglesia Parroquial de San Andrés de Sevilla.

Poco después de la aprobación de la Regla, los fundadores contrataron al escultor Marcos de Cabrera para crear la imagen del Cristo titular. La fecha de la contratación, el 7 de diciembre de 1575, está documentada en una escritura que aún se conserva en el Archivo Histórico Provincial de Sevilla.

La imagen del Cristo Expirante fue concebida para ser procesionada fácilmente por las calles de Sevilla. Se dice que la efigie fue tan singular que, una vez terminada, los moldes fueron destruidos y arrojados al río para evitar que se hicieran copias.

Aunque la Regla inicialmente designó a Nuestra Señora de las Aguas como titular mariano, no se encargó una imagen de ella. Más tarde, la advocación de Madre de Dios de las Mercedes fue adoptada como titular cuando la cofradía se unió a otra hermandad con ese título en 1607. Sin embargo, a mediados del siglo XVIII, ambas hermandades se separaron, y la Cofradía de la Expiración retomó su título original de Nuestra Señora de las Aguas.

La estrecha relación entre la Cofradía y la Orden Mercedaria comenzó en 1577, cuando se firmó un acuerdo entre ambas. Este acuerdo se debió en parte a la devoción de los cofrades por el monasterio. La cofradía tuvo varias sedes en el convento mercedario, incluida una capilla claustral llamada de los Confesionarios. Finalmente, en el siglo XIX, la cofradía adquirió pleno dominio sobre la capilla que sigue siendo su sede canónica hasta el día de hoy.

En los primeros años de la Cofradía de la Expiración, la estación de penitencia se realizaba el Viernes Santo, recorriendo cinco templos cercanos en honor a las cinco llagas de Cristo. Inicialmente, la imagen del Cristo era llevada a hombros por los hermanos, pero luego se colocó sobre unas andas, destacando el paso barroco tallado por Francisco Antonio Gijón, posiblemente continuando el trabajo iniciado por Paolo Albertini. Además del paso del Cristo, la cofradía también procesionaba un paso alegórico conocido como del Eclipse, en referencia al fenómeno meteorológico y en recuerdo de la muerte de Jesús en la cruz.

Desde 1772, el paso del Cristo fue acompañado por la imagen de la Virgen de las Aguas, modelada por Cristóbal Ramos, colocada a los pies de la cruz. Aunque no se conoce el itinerario exacto, la Regla de 1575 revela la organización de la cofradía, incluyendo la participación de hermanos disciplinantes en la procesión.

En 1604, el Cardenal Niño de Guevara ordenó que todas las hermandades hicieran estación penitencial a la Catedral el Viernes Santo por la tarde, lo que la Cofradía de la Expiración comenzó a seguir. La primera aparición documentada de la cofradía en público fue en 1579, durante la procesión del traslado de la imagen de la Virgen de los Reyes y otros restos a la Capilla Real. También se tiene constancia de su participación en la procesión del Corpus Christi durante el siglo XVII, lo que sugiere que también practicaba la estación de penitencia en ese momento.

Un cronista anónimo entre los años 1713 y 1775 proporciona información sobre la irregularidad de las salidas procesionales en general, incluyendo la Cofradía de la Expiración, que realizó su estación de penitencia durante diecinueve años. Además, un expediente conservado en el Archivo General del Arzobispado contiene actas de los Cabildos de Toma de Hora desde 1775 hasta 1820, mostrando la asistencia regular de la cofradía a estas convocatorias y su ejercicio paralelo de la estación de penitencia.

En el siglo XVIII, específicamente en 1782, la Hermandad de la Expiración tuvo su Regla de 1575 aprobada después de ajustar sus capítulos a las normativas dictadas por el Rey Carlos III para todas las Hermandades y Cofradías de sus reinos. La cofradía fue una de las más diligentes en presentar su Regla ante el Consejo de Castilla en Sevilla.

A comienzos del siglo XIX, la Hermandad experimentó una importante decadencia debido a diversos sucesos lamentables. La epidemia de peste amarilla en 1800 resultó en la muerte de muchos de sus principales hermanos. Posteriormente, la invasión francesa y los procesos desamortizadores, especialmente el de Mendizábal, también afectaron significativamente a la Hermandad, aunque de manera diferente.

La ocupación de Sevilla por parte de los franceses ocurrió entre febrero de 1810 y agosto de 1812, durante la cual se produjo el expolio de bienes en iglesias y conventos. El Convento de la Merced, donde se encontraba la Hermandad, sufrió graves daños y pérdidas de patrimonio, incluyendo obras de arte valiosas.

Sin embargo, gracias a la diligencia de algunos hermanos, las imágenes sagradas de la Hermandad fueron trasladadas a la Parroquia de San Vicente antes de que fueran saqueadas por los franceses. Después de la expulsión de los invasores, las imágenes fueron devueltas a su Capilla, que fue restaurada a su estado normal con la ayuda de los frailes mercedarios y otras personalidades de la ciudad.

La verdadera reorganización de la Hermandad tuvo lugar en 1825, cuando celebraron un Cabildo General para recuperar su actividad ordinaria. Lograron realizar la estación de penitencia el Viernes Santo de 1825, siendo la primera cofradía en adoptar el uso de la Cruz de Guía en ese siglo. Además, en 1827, el Rey Fernando VII aceptó el cargo de Hermano Mayor Perpetuo, otorgando a la Hermandad el título de Real.

A pesar de la desamortización y exclaustración de la Orden Mercedaria, que inicialmente impidió a la Hermandad salir de su Capilla, posteriormente, en 1883, tras finalizar las obras de ensanche y adaptación de la puerta, la Hermandad pudo volver a realizar la estación de penitencia desde su propia Capilla.

En el año 1895, la Hermandad experimentó importantes cambios en sus imágenes y enseres. La Virgen estrenó una nueva saya y manto con bordados del taller de Josefa y Ana Antúnez, mientras que el Cristo procesionó por primera vez con una corona de espinas reformada y un nuevo sudario, ambos realizados por el escultor Manuel Gutiérrez Reyes y Cano. Además, la Cruz lució un nuevo INRI y casquetes.

A principios del siglo XX, la Hermandad enfrentó una profunda crisis, posiblemente debido a la falta de financiación para afrontar importantes obras en la Capilla, especialmente la reforma de la puerta. En 1908, se celebró el primer Cabildo General Ordinario desde hacía años, en el que se eligió a un nuevo Hermano Mayor y se decidió retomar la Estación de Penitencia, que finalmente se realizó el Viernes Santo de 1909 después de varios años sin hacerlo.

A pesar de la crisis, la Hermandad comenzó a recuperar su vigor en el siglo XX, destacando algunos eventos importantes que contribuyeron a su resurgimiento. En 1922, se llevó a cabo la iniciativa de sacar la imagen de la Virgen en paso propio de palio, para lo cual fue restaurada por el escultor Antonio Infantes Reina. Sin embargo, el estreno del paso de palio fue frustrado por una fuerte lluvia el Viernes Santo de ese año.

Posteriormente, en 1923, la Hermandad decidió cambiar el día de su Estación de Penitencia de Viernes Santo a Lunes Santo. Esta decisión se tomó después de una votación secreta en un Cabildo General, y el primer Lunes Santo en realizar la procesión fue el 26 de marzo de 1923.

En 1929, se realizaron modificaciones en las túnicas de los nazarenos, estableciendo el aspecto que se conserva en la actualidad, con las túnicas negras de cola para los nazarenos de Cristo y capas blancas para los de la Virgen.

Tras la proclamación de la II República el 14 de abril de 1931, la Hermandad dejó de realizar su Estación de Penitencia durante los años 1932 a 1934. Sin embargo, retomó la procesión en los años 1935 y 1936, a pesar del estallido inminente de la Guerra Civil. Durante el conflicto bélico, al encontrarse Sevilla en la zona nacional, la Hermandad pudo seguir cumpliendo con su Regla en el año 1937 y en los siguientes hasta la fecha.

En 1940, la Hermandad experimentó otro importante acontecimiento con el estreno de un impresionante nuevo paso de Cristo, diseñado y dirigido por el inolvidable Hermano Mayor Francisco Jiménez Román. Este paso fue tallado por Rafael Fernández de Toro, dorado por Manuel Fuentes, y la carpintería estuvo a cargo de Emilio Gutiérrez. Además, el escultor Rafael Roldán talló las figuras ornamentales del paso.

En 1947, se realizó una importante modificación en el paso de la Virgen. El 31 de marzo de ese año, se estrenó el actual palio, que había sido terminado a falta solo del medallón central debido a un retraso en su confección por una inundación en el local del taller de bordados de Caro debido a una riada. Este bellísimo palio lució sostenido por portentosos varales repujados por Manuel Seco Velasco, adornados con pequeñas figuras de patronas de distintas regiones españolas talladas por Sebastián Santos Rojas. También se estrenaron los faldones, el manto y la ropa completa de la imagen de la Virgen, así como los broches de los faldones, confeccionados en plata repujada y calada.

En 1954, Santiago Ramos Castro compuso la marcha «Virgen de las Aguas», en honor a la imagen titular de la Hermandad.

En 1962, el escultor Sebastián Santos restauró la imagen de la Virgen, dotándola de un nuevo candelero y modificando ligeramente la dirección de su mirada para que fuera más adecuada para procesionar bajo palio.

El 19 de marzo de 1964, se bendijo un bello retablo de azulejos que preside la fachada de la Hermandad, con las imágenes de los dos titulares, obra de Antonio Morilla, diseñado por el tallista Guzmán Bejarano y rematado por una corona diseñada por Pablo Aguilocho.

En 1975, se celebró con gran solemnidad el cuarto centenario fundacional de la Hermandad, y se constituyó el patronato Benéfico Social Santísimo Cristo de la Expiración y Nuestra Señora de las Aguas.

El 22 de junio del año siguiente, en 1976, se aprobaron nuevas Reglas, estableciendo el título de la Hermandad que aún se mantiene en la actualidad. En 1977, por primera vez, costaleros jóvenes portaron el paso de Cristo, mientras que el paso de la Virgen no fue llevado por hermanos hasta dos años más tarde.

El 20 de junio de 1982, se enriqueció el tesoro artístico de la Hermandad con la instalación de un magnífico y rico sagrario en el altar mayor, motivo por el cual se celebró una solemne misa concelebrada por el director espiritual, don Miguel Rastrojo, junto con hermanos sacerdotes.

Durante el año 1985, las Imágenes Titulares de la Hermandad permanecieron durante cinco meses en la Parroquia de San Vicente debido a obras de reforma en la capilla.

El 9 de febrero de 1986, se celebró una solemne función presidida por don Antonio Domínguez Valverde, en agradecimiento por la concesión del título de sacramental por parte del Arzobispo.

En el año siguiente, en 1987, se estrenó el guión sacramental.

Entre abril de 1990 y marzo de 1991, el Cristo de la Expiración fue restaurado por el Instituto de Conservación y Restauración de Obras de Arte de Madrid. Tras la restauración, la imagen estuvo expuesta en el Museo de Bellas Artes de Sevilla.

El Sábado Santo, 18 de abril de 1992, la imagen del Santísimo Cristo de la Expiración procesionó en el Santo Entierro Grande, realizando un evocador recorrido por el Postigo del Aceite y El Arenal en su itinerario de vuelta.

Durante el Quinario de 1995 se estrenaron las «Coplas al Cristo del Museo», una obra musical compuesta por D. José Manuel Delgado Rodríguez, con letra de Rafael Soto Yáñez.

En 1996, se estrenaron nuevos respiraderos en plata para el paso de palio, obra de Juan Borrero y Francisco Fernández, que reemplazaron a los adquiridos en 1944.

En 1997, la Hermandad celebró el 75 aniversario de la creación del Lunes Santo.

El 28 de marzo de 1998, la Virgen de las Aguas fue proclamada patrona de la compañía municipal de aguas de Sevilla, EMASESA.

En el año 2000, la Hermandad celebró su 425 aniversario fundacional, concluyendo con un Solemne Pontifical de Acción de Gracias oficiado por el Arzobispo de Sevilla, Fray Carlos Amigo Vallejo.

El Arzobispo bendijo la nueva Casa Hermandad el 28 de octubre de 2002, tras las obras de rehabilitación de la casa de la calle Bailén nº 59, adquirida dos años antes.

En 2003, las hermanas formaron parte por primera vez de la Nómina de la Cofradía, aunque no pudieron realizar la Estación de Penitencia debido a la lluvia.

En septiembre de 2004, se bendijo un nuevo columbario construido en la cripta subterránea de la Capilla, obra de José Núñez Castáin, arquitecto sevillano.

El 19 de mayo de 2005, la Hermandad participó en la procesión eucarística de la Parroquia de San Vicente, con la imagen de la Merced Comendadora sobre el paso de la Virgen de las Aguas.

A finales de 2007, se realizaron obras para acondicionar la fachada de la Capilla bajo la dirección de José María Rincón Calderón.

En 2008 y 2009, las Imágenes Titulares permanecieron en la iglesia conventual de San Gregorio debido a obras de restauración en la Capilla.

En 2012, se expuso en el Museo de Bellas Artes de Sevilla el lienzo “Resurrección del Señor” de Bartolomé Esteban Murillo, que perteneció a la Capilla y regresó gracias a gestiones conjuntas entre el museo, la Hermandad y el matrimonio Bellver.

Entre junio de 2012 y enero de 2013, la imagen del Santísimo Cristo de la Expiración fue restaurada en el Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico.

En septiembre de 2013, el Papa Francisco concedió a la Hermandad la celebración de un año jubilar por el IV centenario de la Capilla de la Expiración, que comenzó con una solemne eucaristía de apertura del Año Jubilar.

En noviembre de 2013, la imagen del Santísimo Cristo de la Expiración presidió el Vía Crucis de las Cofradías de Sevilla en la Santa Iglesia Catedral.

El 3 de octubre de 2014, al concluir el Año Jubilar, la Hermandad celebró una procesión eucarística hasta la parroquia de San Vicente Mártir.

El día siguiente al cierre del Año Jubilar, el obispo auxiliar D. Santiago Gómez Sierra presidió la eucaristía de clausura, además de la inauguración y bendición del crucero conmemorativo del 400 aniversario de la Capilla de la Expiración y la concesión del Año Jubilar.

El Lunes Santo 30 de marzo de 2015, Su Majestad el Rey Felipe VI visitó la Capilla unas horas antes de la Estación de Penitencia, un evento de gran importancia histórica para la Hermandad.

En un Cabildo General Extraordinario el 28 de octubre, los hermanos aprobaron el cambio de itinerario de vuelta para la Estación de Penitencia de 2016, propuesto por la junta de gobierno. El nuevo recorrido incluyó calles como Placentines, Alemanes, García de Vinuesa, Puerta del Arenal, Castelar, Plaza de Molviedro, Doña Guiomar, Zaragoza, Puerta de Triana, Gravina, Pedro del Toro, Bailén, Miguel de Carvajal y Plaza del Museo.

El 7 de diciembre se presentó la restauración del Simpecado procesional, realizada en los talleres de bordados Santa Bárbara, devolviéndole su esplendor artístico original concebido en 1946 por el taller de Sobrinos de Caro.

El 30 de enero de 2016 se presentó el cartel oficial de la Semana Santa, creado por el hermano César Ramírez Martínez, destacando la Santísima Virgen de las Aguas vestida a la usanza hebrea como motivo principal.

El Lunes Santo 21 de marzo de 2016 se llevó a cabo la Estación de Penitencia con el nuevo itinerario de vuelta, viviendo momentos de gran emotividad dentro del fervor y recogimiento habituales.

El 13 de junio, la Hermandad recibió el oficio de aceptación de S.M. El Rey Felipe VI como Hermano Mayor Honorario, fechado el 7 de junio.

En la actualidad, la Hermandad continúa con su vida normal, enriqueciéndose con actividades culturales, formativas y espirituales.