A comienzos del año 1990, un grupo de cofrades de diversas hermandades se unió para formar una nueva cofradía alrededor de una imagen mariana obra de uno de ellos, Francisco Romero. Obteniendo el permiso del párroco de la Iglesia de San Miguel para establecerse en ella, la bendición de María Santísima del Rocío se produjo el Sábado Santo de ese mismo año. Rápidamente presentaron al obispado los estatutos provisionales, denominando inicialmente a la cofradía como Hermandad y Cofradía de Nazarenos de Nuestro Padre Jesús del Perdón en el Desprecio de Herodes, María Santísima del Rocío Doloroso en su Calvario y San Miguel Arcángel.

El fallecimiento del párroco de San Miguel representó un obstáculo importante en la institucionalización de la cofradía. Surgieron desavenencias con el nuevo párroco, y la hermandad decidió buscar una nueva sede canónica, decisión impulsada también por las limitadas dimensiones de los vanos de la iglesia, que dificultaban las futuras estaciones penitenciales. Después de numerosas negativas, recibieron una respuesta favorable de las Madres Filipenses del convento del Buen Pastor, que acogieron a la nueva corporación en su convento. El 12 de enero de 1992, la hermandad trasladó sus escasos bienes y la imagen mariana a su nueva sede, siendo recibidos por las religiosas de la comunidad.

El 24 de septiembre se aprobaron los primeros estatutos, modificando la advocación original, ya que en noviembre de 1991 se entronizó en la iglesia de Jesús Divino Obrero la imagen de Nuestro Padre Jesús del Silencio en el Desprecio de Herodes, incorporada por la hermandad del Amor en su salida de 1992. Para evitar la repetición del pasaje evangélico, la hermandad del Perdón optó por evocar el momento en que Jesús es abofeteado ante el Sanedrín, concretamente mencionado en Juan 18:22 y con mayor detalle en textos apócrifos, que incluso mencionan a Malco como el autor del ultraje.

En 1993, se encargó la realización de la imagen de Nuestro Padre Jesús del Perdón al imaginero Francisco Romero, siendo su primera imagen cristífera para la capital. La nueva imagen fue bendecida el 27 de febrero de 1994 por fray Ricardo de Córdoba y, tres semanas después, el 20 de marzo, recorrió en vía crucis las calles del casco histórico, llevada por costaleros sobre un paso cedido por la hermandad de la Virgen del Rayo. Este vía crucis se repitió en 1995, esta vez sobre el paso de Nuestro Padre Jesús de la Pasión. Finalmente, el Miércoles Santo de 1996, la hermandad se incorporó a la nómina de cofradías de ese día, ocupando el segundo lugar por deseo de la Hermandad de la Pasión. La imagen de Nuestro Padre Jesús del Perdón procesionó sola hasta 1998, cuando se añadieron las figuras de Anás y Malco, realizadas por Manuel Luque Bonillo. En 1999 se añadieron dos sanedritas y en 2000 dos soldados judíos, todos realizados por el mismo autor.

En el año 2000, también se alcanzó un hito importante: por primera vez, procesionó la imagen mariana germen de la hermandad. En la tarde del Miércoles Santo de ese año, Nuestra Señora del Rocío y Lágrimas salió en estación de penitencia en su nuevo paso de palio, debido a las obras en la iglesia del Buen Pastor, que obligaron a la cofradía a realizar su salida desde la Santa Iglesia Catedral.

En 2005, con motivo del III centenario de la parroquia de San Juan y todos los Santos (Trinidad), la hermandad participó en un Quinario Extraordinario junto a los Titulares de las otras dos hermandades de dicha parroquia: la hermandad del Vía-Crucis y la hermandad de la Santa Faz. Este Quinario se celebró entre el 1 y el 5 de marzo.