La Hermandad del Prendimiento fue fundada el 7 de octubre de 1952 por un grupo de antiguos alumnos del Colegio Salesiano de Córdoba y cofrades de otras hermandades, con el apoyo del padre José Ruiz Olmos, director del colegio. Su primera salida procesional tuvo lugar en la Semana Santa de 1954, con la participación de cuatrocientos nazarenos, mayoritariamente alumnos salesianos. Inicialmente, se consideró adoptar el misterio de la Sagrada Cena, pero debido a su alto costo y la existencia de un proyecto similar en la iglesia de San Miguel, se optó por el misterio del Prendimiento. La talla del Señor fue encargada a Antonio Castillo Ariza, y el paso, de grandes proporciones, fue construido por Rafael Valverde Toscano con maderas donadas por Baldomero Moreno. Las figuras del misterio también fueron realizadas por Castillo Ariza, con la inclusión posterior de un sayón realizado por Martínez Cerrillo.

Bajo el mandato de don Juan Calero Cantarero, se impulsó la incorporación de la imagen de Nuestra Señora de la Piedad, obra de Juan Martínez Cerrillo, que hizo su primera estación de penitencia en 1959 sobre un paso de palio comprado a la Hermandad de las Angustias. Los bordados del palio fueron reutilizados para confeccionar un manto y posteriormente una saya para la Virgen. En 1959 se incorporó también la cruz de guía tallada por Rafael Valverde con aplicaciones de mármol.

En 1963, la hermandad de la Borriquita se convirtió en filial del Prendimiento, fijando la edad mínima para salir en la hermandad matriz en catorce años. En 1981, se suprimió el sistema de tracción a ruedas del paso de misterio, pasando a ser llevado por costaleros. En 1982, se reformó el paso de la Virgen, suprimiéndose las velas «rizás» y reduciéndose sus dimensiones para ser llevado por 30 costaleros en lugar de 36.

En 1990, debido al pésimo estado de la imagen fundacional, se encargó una nueva talla de Jesús del Prendimiento al imaginero sevillano Antonio Joaquín Dubé de Luque, que fue bendecida el 28 de febrero de ese año. La imagen de Nuestra Señora de la Piedad ha sido restaurada en varias ocasiones, incluyendo intervenciones de Andrés Valverde Luján en 1982 y Miguel Ángel González Jurado en 1990 y 2006.

En 1997, se sustituyó el paso de misterio y se modificó su composición con nuevas figuras realizadas por Antonio Bernal entre 1998 y 2008. En 2001, se añadieron nuevas reglas, incluyendo el carácter salesiano de la hermandad y la incorporación de San Juan Bosco como cotitular. En 2002, se celebró el Cincuentenario fundacional con una salida extraordinaria. En 2014, se aprobaron proyectos para un nuevo paso de misterio y el bordado del palio de la Virgen, además de un cambio en los hábitos de los nazarenos.

La hermandad posee numerosos enseres de valor, incluyendo un traje de torero de Manuel Rodríguez Sánchez «Manolete», donado por su madre Doña Angustias Sánchez. Este traje, que perteneció al célebre torero y antiguo alumno salesiano, se conserva entero y está expuesto en la sala de juntas de la hermandad.