La historia de la Hermandad del Nazareno está estrechamente ligada a la Orden de los Mínimos de San Francisco de Paula y a la casa de los Medina-Sidonia. El 22 de octubre de 1582, el Duque de Medina-Sidonia, Alonso Pérez de Guzmán el Bueno, solicitó al Consejo de la Villa de Huelva que facilitara los trámites para la fundación de un convento de dicha orden en la ciudad, bajo la advocación de Nuestra Señora de la Victoria. Un año después, en 1583, la Orden estableció su primera sede en el remate de la calle Puerto, momento en el que también se fundó la Hermandad del Nazareno de Huelva.

Debido a la insalubridad del terreno, una década más tarde los Mínimos trasladaron su convento a una zona más alta de la misma calle, y con ellos se reubicó también la hermandad. Permaneció allí hasta principios del siglo XIX, cuando se trasladó definitivamente a la Parroquia de la Purísima Concepción.

Durante su estancia en el Convento de la Victoria, la hermandad mantuvo una estrecha relación con la comunidad de San Francisco de Paula. En 1635, bajo el mandato de Gaspar Díaz como hermano mayor, se labró un altar en la capilla con derecho a sepultura. La comunidad acompañaba a la cofradía durante la Estación de Penitencia del Viernes Santo, además de encargarse del sermón de ese día y celebrar una misa cantada el último domingo de cada mes en el altar del Señor.

La primera referencia a unas andas para el Nazareno data de 1698, cuando se firmó ante el escribano José Hernández Almonte un contrato para el dorado y estofado de un paso, con la participación del alcalde ordinario de la Villa de Huelva, Alonso Gómez Quintero, y el maestro pintor Juan Fernández.

En los estatutos de 1713 se documentó la agregación de la cofradía a los Mínimos, nombrando hermano mayor perpetuo al Duque de Medina-Sidonia, quien también ostentaba el título de Conde de Niebla. Por entonces, la hermandad celebraba su Función Principal de Instituto el 3 de mayo, festividad de la Santa Cruz. También se menciona que la imagen del Señor portaba la llave del Sagrario durante el Jueves y el Viernes Santo, motivo por el cual se le conocía como el “Guardián de la Llave”.

Durante los siglos XVII y XVIII, la hermandad recibió numerosas donaciones a través de mandas testamentarias de devotos. A mediados del siglo XVIII comenzó su relación con la familia Trianes, que jugaría un papel clave hasta finales del siglo XIX. En 1760, Antonio Agustín Trianes, comerciante de Ayamonte, se estableció en Huelva, construyendo su residencia frente al Convento de la Victoria. Su influencia en la ciudad fue notable, siendo nombrado alcalde del castillo en 1766 e hidalgo en 1771.

En 1793, su hijo José María Trianes obtuvo el patronato de la hermandad y la adjudicación de la capilla-sagrario del convento, donde se veneraba la imagen del Nazareno. En el escrito de aceptación se mencionaron por primera vez las imágenes de la Virgen de la Amargura y San Juan Evangelista. Cuatro años más tarde, en 1797, la hermandad se agregó a la Hermandad del Silencio de Sevilla, siendo la primera en hacerlo.

A pesar de los cambios sociales y políticos, la devoción al Nazareno se mantuvo firme. En 1810, debido a la invasión francesa, la hermandad se trasladó a la Parroquia de la Purísima Concepción, ubicando el altar de la familia Trianes en la capilla sacramental, concluida en 1798.

Desde sus inicios, la hermandad procesionó con cuatro pasos: Jesús Nazareno, la Virgen de la Amargura, la Verónica y San Juan Evangelista. El Sermón del Viernes Santo se celebraba en la Plaza de San Pedro hasta finales del siglo XIX.

Entre 1856 y 1858, el joven abogado Marcelo Spínola, preocupado por la pobreza, residió en Huelva. Durante sus visitas al Sagrario de la Concepción, ubicado en la capilla de la hermandad, confirmó su vocación religiosa ante la imagen del Nazareno, convirtiéndose más tarde en Beato.

En 1877, el arcipreste José María Cárdenas suspendió la procesión debido a comportamientos indecorosos. No obstante, la hermandad siguió realizando su Estación de Penitencia hasta 1892, según consta en documentos dirigidos al Ayuntamiento, donde se solicitaba apoyo económico y la presencia de la fuerza armada para evitar altercados. En esta época, era conocida como la Hermandad de «La Quinta Angustia de Nuestro Padre Jesús Nazareno» o simplemente “La del Paso”.

Tras un periodo sin Estación de Penitencia, aunque con cultos en honor al Nazareno, en 1906 la hermandad resurgió con fuerza gracias a su vínculo con el gremio del comercio. D. Roque Borrero Quintero lideró su revitalización, con el apoyo del párroco Pedro Román Clavero y otros colaboradores como Juan Cádiz y Manuel Siurot. En 1918 se redactaron nuevos estatutos y se realizaron importantes reformas y adquisiciones patrimoniales.

En sus primeros años de resurgimiento, solo procesionaba la imagen del Señor en el paso de la Sacramental de la Parroquia. En 1911 se estrenó un nuevo paso adquirido de la Hermandad de la Coronación de Sevilla, que salió por primera vez en 1912. En 1913, la Virgen de la Amargura y San Juan Evangelista procesionaron juntos por primera vez en un mismo paso. Ese año también se incorporó un cirineo, procedente de la Hermandad de la Coronación.

En 1922, se adquirió un manto bordado de la Hermandad del Patrocinio, obra de las hermanas Antúnez en 1881. En 1928, se estrenó un nuevo palio bordado en el taller de Juan Manuel Rodríguez Ojeda. Durante estos años, los cultos de la hermandad se intensificaron con la instauración de los Viernes del Nazareno, a los que la Sagrada Penitenciaría concedió indulgencias en 1927, el Quinario, el Besapié del Domingo de Ramos, el Besamano de la Virgen del Viernes de Dolores y el Triduo de fin de año.

Ese mismo año, se instaló en la fachada principal de la parroquia el primer azulejo con la imagen del Señor, realizado por Juan Ruiz de Luna Rojas. Además, se modificó el recorrido procesional, evitando la Plaza de San Pedro y optando por calles como Valencia, Tendaleras, Doce de Octubre y Marina, una ruta que se mantuvo hasta los años setenta del siglo XX.

Debido a la situación política, la hermandad no realizó Estación de Penitencia entre 1932 y 1934, celebrando en su lugar un Vía Crucis el Viernes Santo dentro de la iglesia.

El 20 de julio de 1936, un trágico suceso marcó la historia de la hermandad: la iglesia fue incendiada y completamente destruida, lo que provocó la pérdida de sus imágenes titulares y la mayoría de sus enseres. Los objetos almacenados en San Vicente de Paúl también fueron consumidos por las llamas. Solo lograron salvarse algunas piezas que se encontraban en domicilios particulares, como el palio, dos coronas de la Virgen, unas potencias de plata del Señor y su corona de espinas, además de ciertos documentos como actas, libros de cuentas y correspondencia.

A pesar de esta adversidad, la hermandad comenzó su proceso de recuperación en 1937, al tiempo que surgía en su seno una nueva cofradía: la de la Soledad, inicialmente bajo la advocación de la Amargura en su Soledad. Ambas hermandades permanecieron unidas hasta su separación definitiva en 1944. Durante la Semana Santa de 1937, al no contar con una imagen bendecida del Señor, la cofradía procesionó con un paso sencillo en el que se entronizó un cuadro del Nazareno, obra del pintor jerezano Juan Padilla. La falta de recursos también afectó a la vestimenta de los hermanos, quienes, ante la escasez de túnicas, realizaron la Estación de Penitencia vestidos de calle con un escapulario con los colores de la hermandad. Algunos de estos escapularios aún se conservan.

El 21 de julio de 1937, en la iglesia de la Milagrosa, se bendijo la nueva imagen de la Virgen de la Amargura, tallada por Ramón Chaveli y donada por Antonio Herrero de los Reyes. Un año después, el 19 de marzo de 1938, en el atrio de la Concepción —aún sin reconstruir—, se bendijo la nueva imagen del Nazareno, obra del mismo escultor y benefactor. Tras la ceremonia, la imagen fue trasladada en procesión hasta la Milagrosa.

Para el 23 de noviembre de 1939, ya restaurada la parroquia, las imágenes fueron trasladadas a su nueva capilla, cuya reconstrucción fue costeada íntegramente por la hermandad. Tres días después, se celebró la bendición del templo. Ese mismo año, Tomás Chaveli realizó una nueva talla de San Juan Evangelista. Posteriormente, en 1940, Manuel Gómez Basilio diseñó un nuevo paso para el Señor, y Ramón Chaveli talló la imagen del cirineo que lo acompañó hasta el año 2000, cuando fue sustituida por una obra de Elías Rodríguez Picón.

El 29 de diciembre de 1941, la hermandad celebró una misa en sufragio por el Conde de Barbate, quien, junto a su esposa, estuvo muy ligado a la corporación y llegó a ostentar el título de Hermano Mayor Honorario. En ese mismo año, se encargó una nueva imagen del Señor a Sebastián Santos, siendo bendecida el 31 de octubre. Además, el mismo escultor restauró las imágenes de la Virgen y San Juan.

A lo largo de las décadas siguientes, la hermandad siguió creciendo y desarrollándose, impulsando proyectos como el comedor Virgen de la Cinta en 1951, promovido por el Padre Laraña tras el Quinario de ese año. En 1954, el obispo Pedro Cantero visitó el comedor y presidió la Función Principal de la hermandad. En reconocimiento a su labor, en 1994 el Padre Laraña fue nombrado hermano honorario y recibió la medalla de oro de la hermandad.

Los años siguientes estuvieron marcados por importantes estrenos y reformas. En 1953, el Señor estrenó nuevas andas, elaboradas en el taller de Miguel Hierro con la colaboración de José García Páez. En 1954, se incorporaron los faroles de Jesús Domínguez y los arcángeles de Ortega Bru. Este paso se mantuvo en uso hasta la Semana Santa de 2003, cuando fue reemplazado por una nueva obra de los Hermanos Caballero.

El 11 de mayo de 1957 falleció José Manuel Romero Bernal, párroco de la Concepción desde 1939 y gran benefactor de la hermandad, llegando a costear el altar de mármol instalado en la capilla durante su reforma finalizada en 1958. En 1975 se realizaron nuevas modificaciones en la capilla, incluyendo la creación de una peana y la reforma de los camarines laterales para la Virgen y San Juan. Esta distribución se mantuvo hasta 2006, cuando la parroquia volvió a abrir con su actual aspecto.

En 1977, la hermandad modificó su recorrido procesional, pasando por primera vez frente al Convento de las Hermanas de la Cruz. Al año siguiente, se colocaron en la fachada principal del convento azulejos con la imagen del Nazareno y de la Amargura, y las Hermanas fueron nombradas camaristas de la Virgen. Ese mismo año, el Señor tuvo su primera cuadrilla de hermanos costaleros.

La imagen del Nazareno ha presidido en diversas ocasiones el Vía+Crucis cuaresmal del Consejo de Hermandades y Cofradías de Huelva, destacando el de 1980, que inauguró el nuevo formato de este acto, así como los celebrados en el Año Jubilar del 2000, en 2005 y 2015. En 1983, con motivo del cuarto centenario de la hermandad, el Nazareno salió en procesión extraordinaria, recibiendo en el Ayuntamiento la primera Medalla de Oro de la ciudad de Huelva, otorgada por el entonces alcalde José Antonio Marín Rite. Además, el Señor fue nombrado Concejal Perpetuo de la ciudad, mientras que la Virgen de la Cinta ostenta el título de Alcaldesa Perpetua.

En 1987 se fundó la Agrupación Musical «Nuestro Padre Jesús Nazareno», dirigida por Alfonso Raggio González, que en los años noventa se convirtió en Banda de Cornetas y Tambores. En 1994, la hermandad recibió una reliquia de San Antonio María Claret, y en 2003, las reliquias de Santa Ángela y San Manuel González fueron portadas por primera vez en el paso de la Virgen de la Amargura.

Uno de los momentos más difíciles para la hermandad fue el cierre de la Parroquia de la Purísima Concepción el 4 de febrero de 1999, debido al deterioro causado por obras en un edificio colindante. Durante siete años, los titulares fueron trasladados a la casa hermandad, que se convirtió en sede provisional del culto. Mientras tanto, los actos principales se llevaron a cabo en la Iglesia de Santa María de la Esperanza, estrechando la relación con la Hermandad de San Francisco. Como muestra de gratitud, en 2005 se otorgó la Medalla de Oro de la Hermandad del Nazareno a San Francisco, y en 2006, la Hermandad de la Esperanza concedió su máxima distinción al Nazareno. Ese mismo año, S.A.R. el Príncipe de Asturias aceptó el nombramiento de Hermano Mayor Honorario.

En 2000, la imagen del Nazareno volvió a presidir el Vía+Crucis oficial del Consejo de Hermandades, presidido por el obispo Ignacio Noguer Carmona. Además, la hermandad apadrinó la bendición del Cristo de la Redención y, en 2005, la del Cristo de la Providencia de la Santa Cruz.

En noviembre de 2006, la Parroquia de la Purísima Concepción reabrió sus puertas al culto, marcando el regreso de los titulares de la hermandad a su templo.

El 14 de diciembre de 2008, con motivo del 425 aniversario de la fundación, se celebró una Solemne Pontifical presidida por el obispo de Huelva, D. José Vilaplana Blasco, quien entregó a la hermandad una reliquia de la Santa Cruz, proveniente de la de Santo Toribio de Liébana.

El 24 de marzo de 2011, S.M. el Rey Don Juan Carlos I otorgó a la corporación el título de Real. Posteriormente, el 21 de febrero de 2012, S.M. la Reina aceptó el nombramiento como Camarista de Honor. En reconocimiento al Cuerpo de Policía del Ayuntamiento de Huelva, el 25 de abril de 2013, el Cabildo de Oficiales de Gobierno lo distinguió como Hermano Mayor Honorario. Como homenaje, cada año se celebra una eucaristía y una ofrenda floral ante la imagen del Señor, renovando el compromiso y la protección del cuerpo municipal. Este nombramiento se hizo oficial el 25 de octubre de ese mismo año.

El 2 de marzo de 2015, Nuestro Padre Jesús Nazareno volvió a presidir el Vía+Crucis oficial del Consejo de Hermandades. Este acto se llevó a cabo en la plaza de San Pedro, rememorando el tradicional Sermón del Viernes Santo que la hermandad celebraba desde su fundación en el siglo XVI hasta finales del XIX. Fue una jornada de profundo recogimiento en la que numerosos fieles participaron en el rezo y acompañaron al Señor en su recorrido.

Ese mismo año, en un Cabildo General Extraordinario, se aprobaron las nuevas reglas y el nuevo título de la hermandad, incorporando a San Francisco de Paula como titular, decisión que fue autorizada el 16 de septiembre de 2016. También se concedió, por unanimidad, la Medalla de Oro de la Hermandad a la Orden de los Mínimos, en reconocimiento a la vinculación histórica de la corporación con esta comunidad religiosa. La imagen de San Francisco de Paula fue bendecida el 2 de abril de 2017, siendo entronizada en la capilla de la hermandad.

El 12 de febrero de 2016, el exalcalde de Huelva, D. Pedro Rodríguez González, donó al Señor el bastón de mando que utilizó durante su mandato. En septiembre de ese mismo año, con motivo del Año de la Misericordia, la imagen del Nazareno participó en la procesión Magna. Días antes, se celebró un devotísimo besamano que congregó a multitud de fieles.

El primer viernes de marzo de 2019, durante el besapié, el Señor lució por primera vez una nueva túnica bordada, fruto de la generosa donación de numerosos hermanos y devotos. Diseñada por D. Jesús Rosado Borja y confeccionada en su taller de Écija, esta pieza vino a enriquecer el patrimonio artístico de la hermandad. En mayo de 2020, dentro de los actos conmemorativos por su cincuentenario fundacional, la Hermandad de Emigrantes concedió a la Virgen de la Amargura su medalla de oro, nombrándola Hermana Mayor Honoraria.

En agosto de 2020, la hermandad inició formalmente el proceso de Coronación de María Santísima de la Amargura. La petición fue presentada al obispo D. Santiago Gómez Sierra por el hermano mayor, Marcos de la Corte, acompañado por los cuatro hermanos mayores precedentes. Durante la misma entrevista, el obispo hizo entrega a la hermandad de una reliquia de San Juan Pablo II, concedida por el cardenal Stanislaw Dziwisz, quien fuera secretario personal del Papa en Cracovia. En octubre de ese mismo año, llegó la carta con el decreto de inicio del proceso de Coronación.

A partir de entonces, la hermandad comenzó a recibir numerosas adhesiones, no solo de otras hermandades, sino también de entidades religiosas y civiles. Paralelamente, se inició una campaña de recogida de firmas entre los fieles y devotos.

El 12 de enero de 2021, se celebró una reunión con el obispo en la que se presentó la Obra Social “Jesús Nazareno”. A finales de febrero, en el Salón de Plenos del Ayuntamiento, se llevó a cabo la presentación del manto procesional de María Santísima de la Amargura, diseñado por Rafael de Rueda y bordado en el taller de Jesús Rosado en Écija. La bendición del manto tuvo lugar el 25 de marzo, festividad de la Anunciación, en la Iglesia de la Concepción. Durante los meses siguientes, la hermandad organizó numerosos actos, cultos y conferencias en preparación para la Coronación.

El 25 de marzo de 2022 se promulgó el Decreto de Coronación de la Virgen de la Amargura. El 8 de abril, durante el traslado del Señor a su paso, se anunció que los padrinos de la Coronación serían el Ilmo. Sr. Alcalde de Huelva, en representación del pueblo, y la Hermandad de Nuestra Señora de la Cinta, Patrona y Alcaldesa Perpetua de la ciudad.

Como parte de los actos preparatorios, el 30 de septiembre la Virgen fue trasladada al Convento de las Hermanas de la Cruz, donde al día siguiente se rezó el Ángelus ante su imagen. Por la tarde, fue llevada a la Iglesia de Santa María de la Esperanza, donde permaneció hasta el 7 de octubre. Durante estos días, se celebraron múltiples actos litúrgicos, como la Función en honor a San Francisco de Asís y una eucaristía concelebrada por el clero de las parroquias de Estrella del Mar y la Concepción. Además, el Consejo de Hermandades de Huelva impuso su medalla de oro a la Amargura, y la Hermandad de la Esperanza entregó un relicario de su titular como muestra de fraternidad.

Como acto penitencial previo a la Coronación, el 10 de marzo se celebró un multitudinario Vía+Crucis extraordinario con la imagen del Nazareno hasta el Convento de las Hermanas de la Cruz, haciendo estación en la Iglesia de Santa María de la Esperanza.

El 3 de mayo, el alcalde de Huelva, D. Gabriel Cruz Santana, impuso la Medalla de la Ciudad a la Virgen de la Amargura. Poco después, entre el 13 y el 25 de mayo, la Casa Colón acogió la exposición “Cor Nazarenorum”, organizada en colaboración con el Ayuntamiento y la Fundación Cajasol. Esta muestra permitió conocer la historia y el patrimonio de la hermandad, así como las ofrendas recibidas con motivo de la Coronación.

Dos semanas antes del gran acontecimiento, se celebró el Pregón de la Coronación, a cargo del periodista onubense D. Manuel Marín de Vicente-Tutor, quien ya había pregonado la Semana Santa de Huelva en 2017. En este mismo acto, la coral y la orquesta de la Coronación, dirigidas por Sergio Lazo, interpretaron por primera vez el Himno de la Coronación, con letra de Rafael Lopera y música del maestro Marco Frisina.

El Triduo de la Coronación tuvo lugar del 9 al 11 de mayo, con predicación a cargo del obispo emérito D. José Vilaplana Blasco el primer día, y de Fray Juan Franco Pérez los dos siguientes. Finalmente, el 17 de junio, en la Placeta, se celebró la Misa Estacional de la Coronación de María Santísima de la Amargura, presidida por el obispo D. Santiago Gómez Sierra. Con las calles Plus Ultra y Méndez Núñez repletas de fieles, se vivió un momento de profunda devoción y emoción que quedará grabado en la historia de la hermandad.

Lejos de ser un punto final, la Coronación ha supuesto un nuevo impulso para la cofradía, cuyo compromiso con la caridad y la formación se materializa en la obra social “Educar para Crecer”, desarrollada en colaboración con Cáritas, para ayudar a los más jóvenes de la sociedad.