El origen de las devociones cristíferas en la Cristiandad se remonta al culto de la imagen del «Cristo de Burgos», venerada en una ermita de los Padres Agustinos en Burgos y posteriormente trasladada a la Catedral. En Sevilla, a finales del siglo XIV y principios del XV, surge un fervor popular hacia la Pasión de Cristo, particularmente hacia el «Cristo de San Agustín», venerado en el Convento de San Agustín de Sevilla. Esta devoción se extendió gracias a los Agustinos por sus conventos, utilizando la fama del Crucificado original de Burgos. A lo largo del tiempo, se conocieron estos crucificados como «San Agustín» o «de Burgos», propagándose por toda la Cristiandad.

En el siglo XVI se erige una Hermandad en la Parroquia de San Miguel en memoria de San Pedro, conocida como la de «los Estudiantes», compuesta principalmente por universitarios. Esta Hermandad tenía una estación de penitencia con una sola imagen de San Pedro, agregando cada año a otras Cofradías. Cambió de sede varias veces antes de establecerse definitivamente en San Miguel en 1687. Durante su estadía en la Parroquia de San Ildefonso, veneraba a una Dolorosa llamada «María Santísima Señora Nuestra Madre de Dios de Guadalupe». En 1727 realizó su última estación de penitencia desde la Iglesia de los Menores, actual Parroquia de Santa Cruz.

En 1522, un grupo de burgaleses funda en Sevilla una Hermandad para venerar a la Inmaculada Concepción, consagrando una capilla en el Convento de San Francisco. Esta Hermandad también tenía una imagen del Santo Cristo de Burgos y fue conocida como la de «los Burgaleses». Durante el siglo XVII, esta Hermandad celebraba cultos solemnes tras renovar su capilla y estrenar un nuevo retablo.

En 1809, durante la guerra con los franceses, se organizó una procesión de rogativas en la Parroquia de San Pedro llevando la imagen del Santísimo Cristo de Burgos a la Catedral. Esta imagen fue tallada por Juan Bautista Vázquez «El Viejo» en 1574, según un encargo que imitaba al Cristo de la Capilla de San Agustín. En 1830, un matrimonio habilitó una capilla debajo de la torre de la Iglesia de San Pedro para dar culto al Cristo de Burgos.

A finales del siglo XIX, Manuel Gutiérrez-Reyes Cano transformó la imagen del Crucificado, y José Ordóñez Rodríguez la restauró en el siglo XX. La Dolorosa, «Madre de Dios de la Palma», fue esculpida en 1884 por el mismo autor que intervino en el Cristo.

En 1888, la Hermandad del Buen Fin de San Antonio de Padua adoptó al Cristo de Burgos como su titular después de que se les negara la posibilidad de continuar desde el Convento de San Antonio. Esta Hermandad realizó su primera estación de penitencia desde San Pedro en 1889. Las primeras Reglas de la Hermandad datan de 1883, recogiendo la titularidad del Cristo de Burgos y de la Virgen de la Palma. En 1932, la Hermandad encargó un grupo escultórico de las negaciones de San Pedro, pero el proyecto fue interrumpido por el fallecimiento del escultor Lorenzo Coullaut-Valera.

A lo largo del siglo XX, la Hermandad se esforzó por conservar su patrimonio artístico y revitalizar su actividad. Se realizaron importantes restauraciones en las imágenes y se emprendió el proyecto de construir una nueva Capilla y Casa de Hermandad en el edificio de los Trinitarios Descalzos. Este proyecto se llevó a cabo en fases, gracias al esfuerzo de los hermanos y al apoyo de las autoridades locales. La Hermandad mantiene vínculos estrechos con la ciudad de Burgos y participa en sus celebraciones, además de organizar eventos navideños y actividades para los niños. En la actualidad, la Hermandad continúa su labor de culto y conservación del patrimonio, además de colaborar estrechamente con la Parroquia de San Pedro.